结论：给A公司付款却收到B公司开发票，这种行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同相对性原则：
- 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同双方当事人。若您与A公司签订了合同，并约定了付款和发票开具等事项，那么正常情况下，应由A公司向您开具发票。
- 如果B公司并非合同当事人，却向您开具了发票，这可能违反了合同相对性原则，除非合同中有特别约定或法律另有规定。
发票管理规定：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票的开具应当与实际经营业务情况相符。如果B公司没有与您发生实际的业务往来，却向您开具了发票，这可能构成虚开发票的行为，是违法的。
- 虚开发票不仅可能导致税务部门的处罚，还可能涉及刑事责任，如虚开增值税专用发票罪等。
特殊情况下的合法性：
- 尽管上述原则适用，但也存在一些特殊情况。例如，如果A公司和B公司之间存在委托代开发票的协议，且该协议符合相关法律法规的规定，同时得到了税务部门的批准或备案，那么B公司向您开具发票可能是合法的。
- 另外，如果涉及三角债、债务转移等复杂情况，且各方之间有明确的协议和约定，也可能出现这种付款与开票主体不一致的情况。但这种情况下，必须确保所有协议和约定都符合法律法规的规定，且得到了相关方的明确同意。
法律建议：
- 如果您遇到了这种情况，首先应当仔细审查与A公司签订的合同，确认合同中关于付款和发票开具的约定。
- 其次，您可以与A公司沟通，了解为什么是由B公司开具发票，并要求A公司提供相关的证明文件或协议。
- 如果怀疑存在虚开发票等违法行为，您可以向当地税务部门举报，并配合税务部门的调查工作。
- 在任何情况下，都应当确保自己的行为符合法律法规的规定，避免涉及不必要的法律风险。
可能的法律后果：
- 如果确认存在虚开发票等违法行为，相关责任方可能面临税务部门的处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 在严重情况下，还可能涉及刑事责任，如被追究虚开增值税专用发票罪等刑事责任。
综上所述，给A公司付款却收到B公司开发票是否合法，需根据具体情况来判断。如果您对此有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。