结论：另一个合伙人是否有权起诉公司，取决于多个因素，包括合伙协议的内容、运输挂靠合同的签订情况以及具体纠纷的性质。以下从不同角度进行分析：
合伙协议的角度：
- 如果合伙协议中明确规定了合伙人之间的权利和义务，包括对外签订合同的权限和责任承担，那么另一个合伙人是否有权起诉公司，将首先取决于合伙协议的具体条款。
- 若合伙协议中约定，某一合伙人有权代表合伙企业签订运输挂靠合同，并且该合同产生的法律责任由合伙企业承担，那么另一个合伙人通常不能直接起诉公司，除非公司违反了合同义务且该违约行为直接损害了其个人利益。
- 若合伙协议未明确约定或约定不明确，且另一个合伙人认为公司的行为损害了合伙企业的利益，进而间接损害了其作为合伙人的利益，他可能需要先通过合伙企业内部程序（如召开合伙人会议）来解决问题，或者根据《合伙企业法》的相关规定，以合伙企业的名义提起诉讼。
运输挂靠合同的角度：
- 如果运输挂靠合同是某一合伙人以个人名义签订的，但合同内容涉及合伙企业的业务，且公司明知或应知该合伙人是在代表合伙企业行事，那么该合同可能被视为合伙企业与公司的合同。在这种情况下，如果公司违反合同义务，另一个合伙人（作为合伙企业的一员）可能有权通过合伙企业或直接以自己的名义（在特定条件下）起诉公司。
- 如果运输挂靠合同确实是某一合伙人以个人名义签订的，且合同内容与合伙企业无关，那么另一个合伙人通常无权直接起诉公司，因为该合同不涉及合伙企业的利益。
具体纠纷性质的角度：
- 如果纠纷是关于运输挂靠合同的履行问题，如公司未支付运费、货物损坏等，且这些纠纷直接影响了合伙企业的利益，那么另一个合伙人可能需要根据合伙协议和《合伙企业法》的规定，通过合伙企业来维护权益。
- 如果纠纷是关于公司对某一合伙人的个人侵权行为（如诽谤、恶意竞争等），且该行为与合伙企业无关，那么另一个合伙人通常无权代表合伙企业起诉公司，但他可能可以以自己的名义提起个人诉讼（如果他是直接受害者）。
法律建议：
- 首先，建议查阅合伙协议，明确合伙人之间的权利和义务以及对外签订合同的权限和责任承担。
- 其次，如果纠纷涉及合伙企业的利益，建议通过合伙企业内部程序来解决问题，如召开合伙人会议、协商或调解等。
- 如果内部程序无法解决问题，或者公司违反了合同义务且该违约行为直接损害了合伙企业的利益，建议咨询专业律师，根据具体情况决定是否以合伙企业的名义提起诉讼。
- 在任何情况下，都应保留好相关证据，如合伙协议、运输挂靠合同、往来函件、支付凭证等，以便在需要时提供证明。
可能法律后果：
- 如果另一个合伙人未经合法程序直接起诉公司，可能会面临诉讼被驳回的风险，因为他不具备直接的诉讼主体资格（除非在特定条件下）。
- 如果通过合伙企业提起诉讼并胜诉，公司可能需要承担违约责任或赔偿责任，具体取决于合同内容和纠纷性质。
- 如果诉讼过程中发现合伙协议或合同存在瑕疵或违法行为，可能会引发其他法律后果，如合伙协议无效、合同被撤销等。