结论：员工事后以单位克扣工资为由主张权利是否合法，需根据具体情况判断。若双方明确约定且该约定不违反法律法规强制性规定，则员工的主张可能不合法；反之，若约定存在瑕疵或违反法律规定，则员工的主张可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、双方明确约定且合法合规的情况
约定内容：如果员工在入职时或事后与单位明确约定，超标的住宿费可以抵扣单位给予的餐补，并且这一约定是双方真实意思的表示，没有受到任何胁迫或欺诈，同时该约定也不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么这一约定是合法有效的。
法律后果：在这种情况下，员工事后以单位克扣工资为由主张权利，可能不会被法律支持。因为单位已经按照约定提供了相应的福利（餐补），并且员工也同意了用超标的住宿费进行抵扣，这实际上是一种双方之间的债务抵销行为，不构成克扣工资。
二、约定存在瑕疵或违反法律规定的情况
约定瑕疵：如果双方之间的约定存在瑕疵，比如约定不明确、没有书面形式等，导致在履行过程中产生争议，员工可能会主张单位克扣工资。此时，需要审查约定的具体内容、履行情况以及双方的主观意图等因素，来判断单位是否构成克扣工资。
违反法律规定：如果双方的约定违反了法律法规的强制性规定，比如约定低于最低工资标准、违反劳动保护规定等，那么这一约定是无效的。在这种情况下，员工事后以单位克扣工资为由主张权利，很可能会得到法律的支持。因为单位的行为已经违反了法律规定，员工有权要求单位补足工资差额或承担其他法律责任。
三、实际操作中的建议
完善约定：为了避免类似的争议发生，建议单位在与员工约定福利抵扣等事项时，尽量采用书面形式，并明确约定具体的抵扣方式、标准以及争议解决方式等。这样可以确保双方的权益得到保障，减少不必要的法律纠纷。
遵守法律法规：单位在制定和执行相关制度时，必须严格遵守法律法规的强制性规定，确保员工的合法权益不受侵害。如果单位的制度或行为违反了法律规定，那么员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
及时沟通协商：如果双方在履行过程中产生争议或误解，建议及时沟通协商解决。通过友好的协商方式，可以更好地理解对方的意图和需求，找到双方都能接受的解决方案。
总结与启示：在处理类似问题时，单位应确保与员工的约定合法合规且明确无误，同时遵守相关法律法规以保障员工权益。员工在签署相关协议前也应仔细阅读并理解条款内容，如有疑问及时咨询专业人士。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。