事业单位办理内退后仍拿工资是否合法，需分情况讨论：

1. 内退符合政策规定且工资发放合理
   若事业单位根据国家或地方政策（如《国有企业富余职工安置规定》中关于内部退养的规定，虽主要针对国企，但事业单位可参照类似管理逻辑）办理内退，且与员工签订了内退协议，明确约定内退期间工资发放标准（如按一定比例发放基本工资或生活费），则属于合法行为。此时，工资发放是单位与员工协商一致的结果，不违反法律规定。

2. 内退程序违法或工资发放无依据

   • 程序违法：若单位未履行法定程序（如未与员工协商一致、未签订内退协议、未报相关部门备案等），单方面强制要求员工内退，则可能构成违法解除或变更劳动合同，员工有权要求单位继续履行原合同或支付赔偿金。
     
   • 工资发放无依据：若内退协议未约定工资发放标准，或单位擅自降低工资至低于当地最低工资标准，则属于违法克扣工资。员工可依据《劳动合同法》第38条、第85条，要求单位补发工资并支付经济补偿。

法律建议：

• 对员工：若单位要求内退，务必要求签订书面协议，明确内退期限、工资发放标准等条款。若单位拒绝签订或工资发放不合理，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 对单位：办理内退需严格遵守政策规定，与员工协商一致并签订协议，避免因程序违法或工资发放问题引发纠纷。

可能后果：

• 若内退合法，员工需按协议履行内退义务，单位需按约定发放工资。
  
• 若内退违法，单位可能面临支付赔偿金、补发工资等法律责任，员工有权要求恢复劳动关系或获得经济补偿。

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