在工程质量问题已经由总包修复的情况下，损失的确定通常需综合考虑修复费用、工期延误损失、其他直接或间接损失等多个方面，具体分析如下：

1. 修复费用的确定：

   • 修复费用是确定损失的最直接依据。这通常包括修复工程所需的人工费、材料费、机械费以及可能产生的其他相关费用。
   • 在确定修复费用时，应参考市场价格，并结合修复工程的实际情况进行合理估算。如果双方对修复费用有争议，可以委托具有相应资质的鉴定机构进行鉴定。

2. 工期延误损失的考量：

   • 如果工程质量问题导致了工期延误，那么由此产生的损失也应纳入考虑范围。这包括因工期延误而增加的现场管理费用、设备租赁费用、人员窝工费用等。
   • 工期延误损失的计算应基于实际延误的天数和相应的费用标准进行。如果双方对工期延误的天数或费用标准有争议，同样可以委托鉴定机构进行鉴定。

3. 其他直接或间接损失的评估：

   • 除了修复费用和工期延误损失外，还可能存在其他直接或间接损失，如因工程质量问题导致的第三方索赔、因工程无法按时投入使用而产生的收益损失等。
   • 这些损失的评估应基于实际损失情况和相关证据进行。对于难以直接量化的损失，如收益损失，可以采用合理的估算方法或参考类似案例进行确定。

4. 损失确定的法律原则：

   • 在确定损失时，应遵循公平、合理、合法的原则。损失的计算应基于实际发生的费用和合理的预期收益，避免夸大或缩小损失。
   • 如果双方对损失的确定有争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决争议时，应依据相关法律法规和合同条款进行。

行动建议：

• 建议收集并整理所有与损失相关的证据，包括修复费用发票、工期延误记录、第三方索赔文件等。
• 如果双方对损失的确定存在争议，可以考虑委托具有相应资质的鉴定机构进行鉴定，以提供客观、公正的损失评估报告。
• 在处理此类纠纷时，建议保持冷静和理性，通过合法途径维护自身权益。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。