在处理公司比价过程中发现三个报价单的公司法人存在关联的情况时，需结合具体情境与法律规定综合判断，以下是分情况说明及处理建议：
- 若关联关系影响公平竞争，可能构成围标串标
根据《招标投标法实施条例》第三十九条，禁止投标人之间相互串通报价。若三家公司法人存在控股、管理关系（如母子公司、同一实际控制人），或存在事先沟通报价、轮流中标等行为，可能被认定为串通投标。此时采购方有权：
- 取消涉事公司投标资格；
- 重新组织招标；
- 向行政监督部门举报，由相关部门处以罚款、没收违法所得，情节严重的吊销营业执照。
- 若关联关系未影响公平性，需完善程序合规性
若三家公司虽法人关联，但报价独立、未协商，且采购方能证明采购过程公开透明（如全程录音录像、留存沟通记录），可采取以下措施：
- 要求涉事公司书面说明关联关系及报价独立性；
- 在评标报告中披露关联情况，由评标委员会综合评估是否影响公平性；
- 优先选择报价合理且无利益冲突的供应商，若必须选择关联公司，需在合同中增加利益冲突回避条款。
- 特殊情形：集团内部关联交易
若三家公司属于同一集团，且采购项目符合集团内部关联交易规则（如已通过内部审批、定价公允），需：
- 提前在招标文件中披露关联关系；
- 参照《企业国有资产交易监督管理办法》等规定，确保交易程序合规；
- 保留完整决策记录，避免被认定为利益输送。
实务建议：
- 采购方应在招标文件中明确“关联公司投标处理规则”，例如要求关联公司仅能有一家参与投标；
- 发现关联关系后，立即暂停采购流程，启动合规调查；
- 保留所有沟通记录、报价文件等证据，以备监管部门核查。
如需进一步分析具体案例中的法律风险，可直接向我提供更多细节（如关联关系类型、采购项目性质等），我将结合《政府采购法》《反不正当竞争法》等法规为您定制解决方案。