上班打卡迟到5分钟扣款20元是否合法，主要取决于用人单位的规章制度制定程序、内容合理性、劳动合同约定以及罚款的实际执行是否符合法律法规。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
规章制度合法且合理：
- 用人单位有权根据其实际运营情况制定劳动规章制度，包括迟到处理办法。但这些规章制度必须经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，确保制定程序的合法性。
- 规章制度内容不违反法律法规的强制性规定，且已向劳动者公示或告知。例如，规章制度中明确规定了迟到的处理方式和罚款标准，且这些规定不违反相关法律法规。
- 罚款数额应合理，与劳动者的迟到行为相适应。虽然迟到5分钟扣款20元，从数额上看可能不算过高，但关键在于这一罚款标准是否在规章制度中明确规定，并且是否经过了合理的制定程序。如果规章制度中明确规定了这一罚款标准，并且该标准被认为合理，那么这种罚款可能是合法的。
劳动合同中有明确约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了迟到的相关处理方式，包括罚款标准，并且该约定经过了劳动者的同意，同时不违反法律法规的强制性规定和公平合理原则，那么这种约定也为罚款的合法性提供了依据。
不合法的情况
用人单位无罚款权利：
- 用人单位不具有行政处罚权，因此不能对劳动者进行罚款作为行政处罚。如果用人单位的规章制度或劳动合同中规定了罚款，但这一规定本身违反了法律法规的强制性规定，那么这种罚款是不合法的。
规章制度不合法或不合理：
- 规章制度未经过民主程序制定，或内容违反法律法规的强制性规定。例如，规章制度中规定的罚款标准过高，对劳动者的经济利益造成了不合理的损害。
- 规章制度未向劳动者公示或告知，导致劳动者对罚款规定不知情。在这种情况下，即使规章制度中规定了罚款，也可能因为缺乏公示或告知程序而被视为不合法。
罚款成为主要管理手段：
- 如果罚款成为用人单位主要的管理手段，替代了正常的批评教育、警告等措施，那么这种罚款也可能被视为不合法。因为罚款应该作为辅助性的管理手段，而非主要的管理方式。
劳动者权益保护建议
- 与用人单位协商：如果劳动者认为用人单位的迟到罚款行为不合法，可以首先与用人单位进行协商，表达自己的观点和诉求。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：假设某用人单位的规章制度中明确规定了迟到5分钟扣款20元，并且这一规定经过了职工代表大会的讨论和同意，同时已经向所有劳动者公示或告知。在这种情况下，如果劳动者迟到5分钟并被扣款20元，那么这种罚款可能是合法的。但如果用人单位的规章制度中没有明确规定这一罚款标准，或者该标准未经合理制定程序，或者罚款成为了主要的管理手段，那么这种罚款就可能是不合法的。
综上所述，上班打卡迟到5分钟扣款20元是否合法，需要根据具体情况进行综合判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。