结论：挂靠协议无效时，约定发包方违约时违约金归实际施工人的条款，并不必然按原约定处理，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
挂靠协议无效的法律后果
- 根据《民法典》及相关司法解释，挂靠协议因违反法律强制性规定（如建筑法中关于施工资质的规定）而无效。合同无效后，自始没有法律约束力，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 在挂靠协议无效的情况下，协议中关于违约金归实际施工人的约定，也因协议整体无效而失去法律基础。但这并不意味着实际施工人无法获得任何补偿或赔偿，而是需要根据实际情况，依据法律规定来处理。
违约金条款的独立性及处理
- 违约金条款通常被视为合同的一部分，但在合同无效的情况下，其效力也受到影响。然而，如果违约金条款本身不违反法律强制性规定，且在实际施工人因发包方违约而遭受损失的情况下，该条款可能作为确定损失赔偿范围的参考。
- 具体处理时，法院会综合考虑实际施工人的实际损失、发包方的过错程度、双方对合同无效的过错比例等因素，来判定是否支持实际施工人关于违约金的请求，以及支持的金额。
实际施工人的权益保护
- 尽管挂靠协议无效，但实际施工人作为实际进行工程建设的一方，其合法权益应得到保护。如果发包方确实存在违约行为，且该违约行为给实际施工人造成了损失，实际施工人有权要求发包方承担赔偿责任。
- 在赔偿范围上，除了直接损失外，还可能包括间接损失（如预期利润等），但具体赔偿金额需由法院根据案件实际情况进行判定。
司法实践中的处理原则
- 在司法实践中，法院通常会遵循“填平原则”，即赔偿金额应足以弥补实际施工人因发包方违约而遭受的损失，但不应超过其实际损失的范围。
- 同时，法院也会考虑双方对合同无效的过错比例，以及实际施工人在工程建设中的实际投入和贡献等因素，来公平合理地确定赔偿金额。
建议：对于此类问题，建议实际施工人及时收集并保存好相关证据（如挂靠协议、工程进度记录、付款凭证、违约证据等），以便在发生纠纷时能够充分证明自己的主张。同时，也可以考虑咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。