结论：挂靠协议无效后，若原合同中明确约定了挂靠单位不得再次进行转包，否则需承担违约责任，那么该约定在协议无效后是否仍具有约束力，需分情况讨论。一般来说，若该条款独立于无效部分且不违反法律强制性规定，可能仍被认定有效；但若条款与无效部分紧密相关或违反法律强制性规定，则可能无效。以下为详细分析：
一、合同无效后的条款效力
整体无效与部分无效：
- 当挂靠协议因违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗等原因被认定无效时，通常意味着整个协议自始无效。
- 然而，在某些情况下，协议中的部分条款可能因独立于无效部分或未违反法律强制性规定而被认定有效。这取决于具体条款的内容、性质以及与无效部分的关联程度。
违约责任条款的效力：
- 若原合同中关于“挂靠单位不得再次进行转包，否则承担违约责任”的条款是独立存在的，且不依赖于挂靠协议的其他无效部分，同时该条款本身不违反法律强制性规定，那么该条款在协议无效后可能仍具有约束力。
- 反之，若该条款与挂靠协议的其他无效部分紧密相关，或该条款本身违反了法律强制性规定（如禁止转包的法律规定），则该条款在协议无效后也将无效。
二、法律后果与责任承担
若条款有效：
- 挂靠单位若违反该条款进行转包，将构成违约，需承担违约责任。违约责任的具体形式可能包括赔偿损失、支付违约金等，具体取决于合同中的约定以及实际损失情况。
若条款无效：
- 挂靠单位进行转包的行为将不再受该条款的约束，但可能仍需承担其他法律责任。例如，若转包行为违反了法律强制性规定（如建筑法中关于禁止转包的规定），则挂靠单位可能面临行政处罚或民事赔偿责任。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在挂靠协议无效后，应仔细审查合同中的各项条款，特别是关于违约责任的条款，以确定其是否仍具有约束力。
咨询专业律师：
- 由于合同无效后的条款效力问题涉及复杂的法律判断和事实认定，建议在实际操作中咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
注意法律风险：
- 无论条款是否有效，挂靠单位都应谨慎对待转包行为，避免违反法律强制性规定或引发其他法律风险。
最后，挂靠协议无效后合同中约定的违约责任条款是否有效需根据具体情况判断。若您在此方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。