结论：违建不计成本时，土地租赁费用是否扣除需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 从租赁合同角度分析：

   • 合同约定优先：如果土地租赁合同中明确约定了违建的处理方式，包括是否扣除租赁费用，那么应首先遵循合同约定。例如，合同可能规定，若承租方在租赁土地上建造违建，出租方有权解除合同并扣除全部或部分租赁费用作为违约金。
   • 合同无约定或约定不明：若合同未对违建情况作出明确约定，则需根据合同法的相关规定及双方交易习惯、目的等来综合判断。在此情况下，出租方可能难以直接扣除租赁费用，但可通过协商、诉讼等方式要求承租方承担违建带来的损失。

2. 从违建性质及后果角度分析：

   • 违建被强制拆除：若违建被相关部门强制拆除，且拆除费用、罚款等由承租方承担，那么出租方可能基于公平原则，考虑扣除部分或全部租赁费用以弥补其因违建而遭受的损失（如土地闲置期间的租金损失）。但这一做法需有充分证据支持，且需符合合同约定或法律规定。
   • 违建未被拆除但存在风险：若违建虽未被拆除，但存在安全隐患或影响土地正常使用，出租方同样可能要求承租方承担相应责任，包括扣除租赁费用。然而，这同样需要基于合同约定或法律规定，并需有充分证据证明违建与租赁费用扣除之间的直接关联。

3. 从法律程序及证据角度分析：

   • 法律程序：无论出租方是否决定扣除租赁费用，都应遵循法律程序，如与承租方协商、发送律师函、提起诉讼等。在诉讼过程中，出租方需提供充分证据证明其有权扣除租赁费用，如合同、违建照片、拆除通知、损失评估报告等。
   • 证据收集：出租方在发现违建后，应及时收集相关证据，包括违建的建设时间、规模、用途、是否经过审批等，以及违建对土地使用、出租方权益造成的影响等。这些证据将有助于出租方在后续协商或诉讼中主张其权益。

建议：

• 对于出租方而言，在签订土地租赁合同时，应明确约定违建的处理方式及租赁费用的扣除条件，以避免后续纠纷。
• 对于承租方而言，应严格遵守法律法规及合同约定，不得在租赁土地上建造违建。若已建造违建，应积极与出租方协商解决方案，以减少损失。
• 在处理违建及租赁费用扣除问题时，双方应保持冷静、理性，通过协商、调解等方式解决争议。若协商无果，可寻求法律途径解决。

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