结论：上班期间休息超过五分钟是否算旷工半小时，需根据具体的工作制度、劳动合同以及相关法律法规来判断，一般情况下，若公司规章制度或劳动合同中无明确规定，则该做法不合法。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的角度
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中明确规定了休息时间的上限，并且明确指出超过该时间即视为旷工，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，或者已经告知劳动者，那么公司按照此规定执行是合法的。
- 但若公司规章制度中未明确规定，或者规定模糊，那么公司单方面将休息超过五分钟视为旷工半小时可能缺乏合法依据。
劳动合同：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了休息时间和旷工的计算方式，那么双方应按照合同约定执行。
- 若劳动合同中未对此进行约定，或者约定不明确，那么公司不能单方面随意解释和执行。
二、法律法规的角度
《中华人民共和国劳动法》：
- 该法规定了劳动者的工作时间和休息休假权利。虽然未直接规定休息超过几分钟算旷工，但强调了用人单位应合理安排劳动者的工作时间和休息休假。
- 如果公司规章制度或劳动合同中的规定违反了劳动法的原则性规定，如过度剥夺劳动者的休息权利，那么该规定可能被视为无效。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 该法规定了劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止等事项。其中强调了劳动合同的合法性和公平性。
- 如果公司单方面将休息超过五分钟视为旷工半小时，且该规定未经过民主程序制定或未告知劳动者，或者违反了法律法规的强制性规定，那么该规定可能不具有法律效力。
三、实际操作与合理性角度
实际操作：
- 在实际操作中，公司应合理设置休息时间，并明确告知劳动者。如果劳动者因特殊原因需要延长休息时间，应与公司进行沟通并获得同意。
- 公司不能单方面随意改变休息时间的计算方式或旷工的认定标准。
合理性：
- 将休息超过五分钟视为旷工半小时可能缺乏合理性。因为休息是劳动者恢复体力和精力的必要时间，过度剥夺休息时间可能影响劳动者的工作效率和身心健康。
- 公司应考虑劳动者的实际情况和合理需求，制定合理的休息时间和旷工认定标准。
建议：
- 如果您遇到此类情况，首先应查看公司规章制度和劳动合同中的相关规定。
- 如果规定不明确或存在争议，建议与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
- 如果公司坚持执行不合理的规定，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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