核心结论：村集体企业在厂建一半时被规资局叫停并要求补办土地手续，需立即停止施工，按照以下流程补办手续，同时注意法律风险防范。以下是具体流程和注意事项：

一、补办土地手续的法定流程

1. 确认土地性质与规划合规性

   • 需核实土地是否为集体建设用地（如宅基地、乡镇企业用地等），是否符合土地利用总体规划和城乡规划。
     
   • 若土地性质为农用地（如耕地、林地），需先办理农用地转用审批手续，涉及占用基本农田的还需报国务院批准（《土地管理法》第44条）。
     
   • 若土地用途与规划不符（如规划为绿地但用于建厂），需调整规划或重新选址。

2. 准备补办材料

   • 基础材料：村集体企业营业执照、法定代表人身份证明、土地权属证明（如集体土地所有权证、用地协议）。
     
   • 规划材料：建设项目选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证（若已部分建设，需提交现状图及规划调整说明）。
     
   • 审批材料：环境影响评价报告（如需）、节能评估报告（如需）、用地预审意见（新增建设用地需）。
     
   • 其他材料：村民会议或村民代表会议同意用地的决议、补缴土地出让金或租金协议（如涉及有偿使用）。

3. 向规资局提交申请

   • 提交补办申请书，说明建设情况、停工原因及整改措施。
     
   • 规资局受理后会进行现场核查，重点审查土地用途、规划符合性及建设规模。
     
   • 若材料齐全且符合条件，规资局会出具《补办用地手续通知书》；若需整改，会明确整改要求及期限。

4. 缴纳相关费用

   • 根据土地性质补缴土地出让金（出让地）或租金（租赁地）。
     
   • 缴纳耕地占用税（如占用耕地）、契税（如涉及土地使用权转让）等税费。

5. 领取补办证件

   • 完成整改并缴费后，规资局会核发《建设用地批准书》或《不动产权证书》（土地部分），并补发建设工程规划许可证。
     
   • 凭证件恢复施工，但需确保后续建设严格按规划执行。

二、法律风险防范与注意事项

1. 立即停工，避免扩大损失

   • 继续施工可能构成“未批先建”违法行为，面临罚款（《土地管理法》第77条）、拆除建筑物等处罚，甚至追究相关责任人刑事责任（《刑法》第342条非法占用农用地罪）。

2. 与规资局积极沟通

   • 主动说明情况，配合调查，争取从轻处理（如仅补办手续而非处罚）。
     
   • 若对叫停决定有异议，可申请行政复议或提起行政诉讼，但需在法定期限内（通常60日内复议，6个月内诉讼）。

3. 完善内部决策程序

   • 确保用地决策经过村民会议或村民代表会议同意，避免因程序违法导致手续无效。
     
   • 保留会议记录、用地协议等证据，以备后续核查。

4. 关注政策变化

   • 部分地区对集体建设用地入市有试点政策（如允许通过租赁、入股等方式流转），可咨询当地规资局是否适用。
     
   • 若项目符合乡村振兴战略，可申请政策支持（如减免税费、简化审批流程）。

三、特殊情况处理

• 若土地存在权属争议：需先通过协商、调解或诉讼解决争议，再补办手续。
  
• 若已建成部分需保留：需委托第三方机构评估是否符合规划，若符合可补办手续后保留；若不符合，可能需部分拆除或改造。
  
• 若涉及环保、安全等问题：需同步补办环评、安评等手续，否则即使补办土地手续也可能无法复工。

建议：村集体企业应尽快委托律师或专业机构协助处理，确保流程合规、风险可控。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。