特殊工时制度下，员工每天及每月的加班时间是否受“每天加班不超过3小时，一个月加班不超过36小时”的限制，需根据具体工时制度类型来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 标准工时制度下的加班限制：

   • 在标准工时制度下，员工每天的工作时间通常不超过8小时，每周不超过40小时。对于加班时间，确实存在“每天加班不超过3小时，一个月加班不超过36小时”的限制。这是为了保障员工的休息权和健康权，防止过度加班对员工造成损害。

2. 特殊工时制度下的加班限制：

   • 不定时工作制：在这种制度下，员工的工作时间不受固定日或周的限制，而是根据工作需要灵活安排。因此，对于不定时工作制的员工，通常不适用“每天加班不超过3小时，一个月加班不超过36小时”的限制。但是，这并不意味着员工可以无限制地加班，用人单位仍需保障员工的休息权，并合理控制加班时间。
   • 综合计算工时工作制：在这种制度下，员工的工作时间是在一个周期内（如周、月、季、年）综合计算的。如果在一个周期内，员工的总工作时间未超过法定标准工作时间（如每月167.4小时，基于每周40小时、每月4.175周计算），则即使某天或某周的工作时间较长，也不视为加班。然而，如果在一个周期内总工作时间超过了法定标准工作时间，则超出部分应视为加班，并可能受到加班时间的限制。但具体限制可能因地区和行业而异，且通常不会严格遵循“每天加班不超过3小时，一个月加班不超过36小时”的标准，而是根据综合计算周期内的总工作时间来判定。

3. 法律建议与注意事项：

   • 了解具体工时制度：员工应首先了解自己所在岗位实行的是哪种工时制度，以便准确判断加班时间的限制。
   • 关注加班补偿：无论实行哪种工时制度，员工都有权获得加班补偿。用人单位应按照法律规定支付加班费或安排补休。
   • 维护自身权益：如果员工认为自己的加班时间超过了法定限制或未获得应有的加班补偿，可以向用人单位提出异议或向劳动监察部门投诉。
   • 咨询专业律师：在处理复杂的工时制度和加班问题时，员工可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。不过，作为高慧颖律师，我随时在这里为你提供法律咨询，有问题可以直接向我咨询。

总结来说，特殊工时制度下员工的加班时间是否受“每天加班不超过3小时，一个月加班不超过36小时”的限制，取决于具体的工时制度类型。员工应了解自己的工时制度，并关注加班补偿和自身权益的维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。