违约金5万元由乙方两人各占50%份额时，每人应分得2.5万元。以下是具体分析：

1. 份额分配的直接计算
   根据《民法典》第五百八十四条，违约金属于违约方因违约行为向守约方支付的赔偿性款项。若合作协议或补充协议中明确约定“乙方两人对违约金各占50%份额”，则分配方式直接按约定执行：

   • 总违约金：5万元
     
   • 每人份额：5万元 × 50% = 2.5万元
     此分配方式无需考虑其他因素，直接依据合同条款执行即可。

2. 无明确约定时的补充规则
   若合同未明确约定份额分配方式，但乙方两人为共同守约方（例如共同作为合同一方），则需结合以下原则处理：

   • 共同共有原则：违约金作为因共同权益受损产生的赔偿，默认由乙方两人共同共有，分配时需协商一致。若无法协商，可参考出资比例、贡献度等因素分配，但需提供证据支持。
     
   • 按份共有推定：若乙方两人曾以书面或行为表明按份共有（例如此前利润分配按50%执行），可推定违约金按同等比例分配。
     
   • 诉讼风险提示：若双方对分配无法达成一致，可能需通过诉讼解决，法院会综合合同履行情况、过错程度等因素判决，但若无特殊情形，仍可能支持均分。

3. 实务建议

   • 优先书面约定：建议在合作协议中明确违约金分配规则（如“违约金由乙方两人按50%比例分配”），避免后续争议。
     
   • 保留分配依据：若按非均分方式分配（如按出资比例），需留存出资证明、会议纪要等证据。
     
   • 及时履行通知义务：若一方代收全部违约金，需在合理期限内通知另一方并完成分配，否则可能承担违约责任。

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