结论：在同一天不同时间不同部位发生两次受伤，一般不能分别申请工伤认定，但符合条件的可合并认定为一次工伤事故，特殊情形下可能涉及两次认定。以下是具体分析：

1. 工伤认定的一般原则
   根据《工伤保险条例》第十四条，工伤认定需满足“工作时间、工作场所、因工作原因”三个核心要件。若两次受伤均符合上述条件（例如：上午搬运货物扭伤腰部，下午操作机器砸伤手指），且属于同一工作过程中的连续伤害，通常会被认定为一次工伤事故，由用人单位或劳动者在事故发生后30日内/1年内向社保部门提出申请，无需分别认定。

2. 可能涉及两次认定的特殊情形
   若两次受伤存在明显时间间隔且因果关系断裂（例如：上午因工作受伤后已下班回家，下午返回单位途中因私事再次受伤），则可能被认定为两次独立事故。但需注意：

   • 第二次受伤若与工作无直接关联（如私自外出），可能不被认定为工伤；
     
   • 若两次受伤均与工作相关但间隔较长（如跨天），需分别举证“工作原因”与伤害的关联性。

3. 实务操作建议

   • 及时取证：立即报告用人单位，保留医疗记录、现场照片、证人证言等证据；
     
   • 合并申请：优先按一次事故申请，在《工伤认定申请表》中详细描述两次受伤经过；
     
   • 异议处理：若社保部门仅认定其中一次，可申请行政复议或提起行政诉讼，主张两次伤害均与工作相关。

提示：工伤认定需结合具体证据和地方规定，若涉及复杂情形（如上下班途中受伤、职业病等），可进一步向我说明细节，我会为您分析法律风险。