结论：公司合同中没有明确上下班时间，一般不可以仅以迟到理由随意扣工资，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

从劳动合同约定角度

劳动合同是用人单位与劳动者确定劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》第十七条规定，劳动合同应当具备工作时间和休息休假等条款。如果公司合同中没有明确上下班时间，这属于劳动合同约定不明确的情形。

在这种情况下，公司不能仅依据自己单方面认定的“迟到”标准来扣除工资。因为“迟到”的前提是有明确规定的时间界限，而合同中未约定，就无法准确界定何为迟到。例如，若公司突然以某个未在合同中体现的时间点作为迟到标准，并据此扣工资，这是不合理的。

从公司规章制度角度

公司有权制定规章制度来规范员工的行为，但这些规章制度必须满足一定的条件才具有法律效力。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条规定，用人单位通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为确定双方权利义务的依据。

如果公司有关于上下班时间和迟到处罚的规章制度，且该制度经过了民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），并且已经向劳动者公示（如在公司内部公告栏张贴、通过电子邮件发送给员工等），那么公司可以依据该制度对迟到的员工进行相应的处罚，包括扣除一定比例的工资。但扣除工资的比例也需合理，不能违反法律法规的强制性规定，一般来说，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

从实际履行和公平原则角度

在实际工作中，如果公司长期以来一直按照某种默认的时间来要求员工上下班，员工也一直按照这个时间执行，且没有提出异议，那么可以视为双方以实际履行的方式对工作时间进行了约定。在这种情况下，如果员工偶尔出现迟到情况，公司可以依据实际情况和公平原则，与员工进行沟通协商，给予适当的批评教育或者警告处理，而不是直接扣除工资。

例如，公司虽然没有在合同中明确上下班时间，但一直以来都是上午9点上班，员工也都按照这个时间到岗。某一天员工因为特殊情况迟到了半小时，公司可以先了解迟到的原因，如果是因为不可抗力或者突发紧急情况导致的，公司可以考虑不扣除工资或者适当减轻处罚；如果是因为员工自身原因，如睡过头等，公司可以与员工沟通，提醒其遵守工作时间，而不是直接扣除工资。

建议：如果公司以迟到为由扣除你的工资，而你认为这种扣除不合理，你可以先与公司进行协商沟通，要求公司说明扣除工资的依据和标准。如果协商不成，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动纠纷方面的问题，欢迎随时向我咨询。