结论：村书记无偿占用集体土地查实后，仅通过村民代表会就承包给其本人的行为，很可能不合法。具体是否合法，需结合土地性质、承包程序、村民代表会决议的合法性等多个方面综合判断。
分析如下：
土地性质与承包规定：
- 农村集体土地，包括宅基地、耕地等，其承包、流转等需遵循严格的法律规定。根据《农村土地承包法》等相关法律法规，集体土地的承包通常需经过公开招标、拍卖、挂牌或协商等程序，并确保承包过程的公开、公平、公正。
- 若村书记无偿占用集体土地，且未经合法程序承包给自己，这一行为本身就可能违反了土地承包的相关规定。
村民代表会的决议效力：
- 村民代表会作为村民自治组织的一种形式，其决议在村内具有一定的约束力。然而，这种约束力并非绝对，特别是当决议内容违反法律法规时，该决议将无效。
- 在本案例中，若村民代表会的决议未经合法程序（如未提前通知所有村民、未公开讨论、未形成有效决议等），或者决议内容本身违反了土地承包的相关法律法规，那么该决议将不能作为村书记承包集体土地的合法依据。
村书记的身份与责任：
- 村书记作为村级组织的负责人，有义务遵守国家法律法规，维护村民的合法权益。若其利用职务之便，无偿占用并承包集体土地给自己，这一行为不仅违反了土地承包的相关规定，还可能构成职务侵占或滥用职权等违法行为。
合法承包的程序要求：
- 合法的土地承包程序通常包括：提出承包申请、公开招标或协商、签订承包合同、办理土地承包经营权证等步骤。这些步骤旨在确保承包过程的公开、公平、公正，保护村民的合法权益。
- 在本案例中，若村书记未经这些合法程序就承包了集体土地，那么其行为很可能不合法。
建议与后果：
- 建议：若您发现村书记存在无偿占用并承包集体土地的行为，且怀疑该行为不合法，建议您及时向当地乡镇政府或土地管理部门举报，并要求相关部门进行调查处理。同时，您也可以咨询专业律师（即我本人，李珺律师，专注于刑事辩护、合同纠纷、公司事务领域），了解具体的法律途径和维权策略。
- 后果：若村书记的行为被查实为不合法，其可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等）或刑事处罚（如职务侵占罪、滥用职权罪等）。同时，该承包合同也可能被宣告无效，集体土地将恢复原状或重新进行合法承包。
进一步思考：
- 在处理此类问题时，除了关注土地承包的合法性外，还应关注村民代表会的决议程序是否合法、村民的知情权是否得到保障等方面。这些因素都可能影响最终的法律判断和责任追究。
- 若您对土地承包、村民自治等相关法律法规有进一步了解的需求，或者在实际操作中遇到具体问题，欢迎随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。