不可以边经营边办证。以下是具体分析：

1. 法律明确禁止未经批准取用地下水
   根据《中华人民共和国水法》第四十八条，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费。未取得取水许可证擅自取水的行为属于违法行为，可能面临行政处罚，包括罚款、责令停止违法行为、没收违法所得等。

2. “边经营边办证”不构成合法抗辩理由
   即使企业承诺在经营期间补办取水许可证，行政机关仍会优先要求停止违法行为。因为取水许可的审批涉及水资源论证、用水计划核定等前置程序，目的是评估取水行为对区域水资源的影响。若允许“先经营后补证”，可能导致水资源过度开发、生态损害等不可逆后果，与《水法》的立法目的相悖。

3. 合规路径：立即整改+同步申请

   • 立即停止违法行为：在未取得许可证前，必须停止取用地下水，避免处罚加重（如《水法》第六十九条规定，逾期不整改的，可处2万元-10万元罚款）。
     
   • 同步准备申请材料：向当地水行政主管部门提交取水许可申请，包括取水水源、用途、水量、节水措施等材料。若符合条件，行政机关会依法核发许可证，此时方可恢复取水。
     

4. 特殊情形：紧急用水需报批
   若因消防、抗旱等紧急情况需临时取水，可依据《取水许可和水资源费征收管理条例》第四条，向水行政主管部门申请临时取水许可，而非直接取水。

建议：立即停止取水行为，尽快向当地水务部门咨询取水许可的办理流程，并委托专业机构编制水资源论证报告。若已收到行政处罚通知，可进一步向我咨询行政复议或诉讼的应对策略。