结论前置：合同签订地在合同一方的分公司，双方约定由签订地管辖，该约定并不必然无效，其有效性需结合具体情况判断。
详细分析：
管辖协议的有效性原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 这意味着，只要管辖协议是双方真实意思表示，且不违反法律强制性规定，就是有效的。
合同签订地作为管辖地的合法性：
- 在您描述的情况中，合同签订地位于合同一方的分公司所在地。这并不影响管辖协议的效力，因为合同签订地是与争议有实际联系的地点之一。
- 只要双方在合同中明确约定了由合同签订地（即分公司所在地）的人民法院管辖，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定就是有效的。
可能影响管辖协议效力的因素：
- 分公司是否具备诉讼主体资格：虽然分公司不具有独立的法人资格，但其可以在总公司授权范围内从事民事活动，包括签订合同和参与诉讼。如果分公司得到了总公司的明确授权，且该授权包括签订管辖协议，那么该协议对双方具有约束力。
- 协议是否违反法律强制性规定：如果管辖协议违反了级别管辖或专属管辖的规定，或者存在其他法律强制性规定的情形，那么该协议可能是无效的。例如，如果合同涉及不动产纠纷，而双方约定由非不动产所在地的人民法院管辖，那么该约定可能因违反专属管辖而无效。
- 协议是否双方真实意思表示：如果管辖协议是在欺诈、胁迫等情况下签订的，或者存在重大误解、显失公平等情形，那么该协议可能是可撤销或无效的。
实践中的建议：
- 在签订合同时，双方应明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律强制性规定。
- 如果合同涉及分公司，应确保分公司得到了总公司的明确授权，且该授权包括签订管辖协议。
- 在发生争议时，双方应首先审查管辖协议的有效性，并根据协议约定向有管辖权的人民法院提起诉讼。
总结与建议：
合同签订地在合同一方的分公司，双方约定由签订地管辖，并不必然导致该约定无效。其有效性取决于多种因素，包括分公司的诉讼主体资格、协议是否违反法律强制性规定以及协议是否双方真实意思表示等。因此，在签订合同时，双方应谨慎考虑管辖协议的内容，并确保其符合法律强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。