快递公司发现假药后，应立即停止运输并封存货物，同时向药品监督管理部门和公安机关报告，配合调查并保留相关证据。 以下是具体处理步骤和法律分析：

1. 立即停止运输并封存货物
   根据《药品管理法》第六十八条，快递公司作为运输环节的责任主体，发现疑似假药时，必须立即停止运输，并对货物进行封存，防止假药进一步流通。这是避免法律风险扩大的首要措施。

2. 向药品监督管理部门报告
   根据《药品管理法》第一百一十条，快递公司需在24小时内向所在地县级以上药品监督管理部门报告。报告内容应包括：

   • 货物来源、收件人信息；
     
   • 货物数量、包装特征；
     
   • 发现假药的初步证据（如外包装异常、无批准文号等）。
     若未及时报告，可能面临行政处罚（《药品管理法》第一百二十六条）。

3. 向公安机关报案
   若假药涉及刑事犯罪（如生产、销售假药罪），快递公司需同时向公安机关报案。根据《刑法》第一百四十一条，生产、销售假药可能构成犯罪，快递公司作为知情方有义务协助侦查。

4. 配合调查并保留证据

   • 快递公司需配合药监部门或公安机关的调查，提供运输单据、监控录像等证据；
     
   • 封存货物时，建议拍摄照片或视频，记录货物状态，避免后续争议；
     
   • 保留与寄件人、收件人的沟通记录，证明自身无主观故意。

5. 法律责任规避

   • 行政责任：若快递公司未履行报告义务，可能被处以10万元以上50万元以下罚款（《药品管理法》第一百二十六条）；
     
   • 刑事责任：若快递公司明知是假药仍运输，可能构成共犯（《刑法》第二十五条），需承担刑事责任；
     
   • 民事赔偿：若假药造成他人损害，快递公司可能因未尽审查义务被追责（《民法典》第一千二百零三条）。

建议：快递公司应建立内部审查机制，对药品类货物进行重点核查（如核对批准文号、生产厂家信息），并在合同中明确寄件人需承诺货物合法性，以降低法律风险。若遇到复杂情况，可直接向我咨询具体操作方案。