结论：房管局的直管公房变更承租人的行政纠纷，若已超过20年，一般情况下不能再提起行政诉讼，但存在特殊情形可能允许诉讼。以下从多个角度进行详细分析：
一、一般情况下的诉讼时效限制
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条的规定：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。”
诉讼时效的起算点：对于房管局直管公房变更承租人的行政行为，诉讼时效一般从承租人知道或应当知道该变更行为之日起计算。若承租人一直不知情，则可能从实际知道或应当知道之日起算。
最长诉讼时效：对于涉及不动产的行政诉讼，最长诉讼时效为二十年。这意味着，如果自行政行为作出之日起已超过二十年，无论承租人何时知道或应当知道该行为，人民法院通常都不会再受理此类诉讼。
二、特殊情形的考虑
尽管存在最长诉讼时效的限制，但在某些特殊情形下，承租人可能仍有机会提起行政诉讼：
行政行为违法或无效：如果房管局的变更承租人行为存在违法或无效的情形（如未依法进行公告、未听取利害关系人意见等），且该违法或无效情形在二十年内一直持续存在，承租人可能可以基于该违法或无效情形提起诉讼。但这种情况较为罕见，且需要承租人提供充分的证据证明行政行为的违法或无效。
诉讼时效中断或延长：在特定情况下，诉讼时效可能因某些法定事由而中断或延长。例如，如果承租人在知道或应当知道变更行为后，曾向房管局提出异议或申请复议，且该异议或复议申请在合理期限内未得到处理，可能导致诉讼时效的中断。但这种情况需要承租人提供充分的证据证明诉讼时效的中断或延长事由。
三、法律建议
收集证据：如果承租人认为房管局的变更承租人行为存在违法或无效情形，应尽快收集相关证据，包括变更行为的公告、通知、决定书等文件，以及承租人提出异议或申请复议的证据等。
咨询专业律师：由于行政诉讼涉及复杂的法律程序和证据规则，承租人应咨询专业律师，以了解自身权利和义务，以及提起诉讼的可能性和风险。
考虑其他救济途径：如果行政诉讼已不可行，承租人还可以考虑通过其他途径维护自身权益，如向房管局的上级部门投诉、申请行政复议（如果仍在复议期限内）或寻求民事诉讼等救济方式。
最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅供参考。如果您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律建议。