经济补偿协议中写明不能追究公积金的条款，其法律效力需要根据具体情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 协议条款的合法性：

   • 如果经济补偿协议是在双方自愿、平等、协商一致的基础上签订的，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议条款通常具有法律效力。
   • 但如果协议条款存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，或者违反了法律、行政法规的禁止性规定，那么该条款可能无效。

2. 公积金的法定性：

   • 公积金是由国家法律规定的，用人单位和劳动者必须依法缴纳的，用于保障劳动者住房权益的一项制度。
   • 因此，公积金的缴纳具有法定性，不能通过协议的方式随意免除或放弃。

3. 条款与公积金法定性的冲突：

   • 如果经济补偿协议中的条款试图免除用人单位缴纳公积金的义务，或者限制劳动者追究用人单位未缴纳公积金的责任，那么这一条款可能与公积金的法定性相冲突。
   • 在这种情况下，即使协议条款本身没有违反法律、行政法规的强制性规定，也可能因为与公积金的法定性相冲突而被认定为无效。

4. 法律后果：

   • 如果协议条款被认定为无效，那么劳动者仍然有权依法追究用人单位未缴纳公积金的责任。
   • 用人单位也应当承担相应的法律责任，包括补缴公积金、支付滞纳金等。

综上所述，经济补偿协议中写明不能追究公积金的条款，其法律效力并不是绝对的。在判断该条款的法律效力时，需要综合考虑协议的签订情况、公积金的法定性以及条款与公积金法定性的冲突等因素。如果您在这方面有具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的法律建议。