结论前置：老板在发工资时扣除你之前垫付的办证费用这一行为是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若双方事先有明确约定：如果在你给老板转办证钱的时候，双方就这笔费用的后续处理有明确的约定，比如约定这笔费用从你后续工资中扣除，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么老板的扣除行为是合法的。在这种情况下，你可以和老板进一步沟通，确认扣除的具体金额和计算方式是否与之前的约定一致，避免出现计算错误等问题。
2. 若双方事先没有明确约定：
   • 从劳动关系角度：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果老板没有合理理由，在你不知情的情况下擅自扣除工资，这种行为属于克扣工资，是违法的。你可以先与老板进行友好协商，要求老板返还被扣除的工资，并按照实际工作情况足额支付工资。
   • 从垫付费用角度：你为老板垫付了办证的钱，这形成了一种债权债务关系。老板有义务偿还你这笔垫付的费用，但不能直接从工资中扣除，除非得到你的同意。如果协商无果，你可以收集相关证据，如转账记录、聊天记录（证明你垫付费用以及老板扣除工资的事实）等，向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对用人单位的违法行为进行查处，并责令其改正，要求老板支付被克扣的工资。你也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。