发现工资被扣后，你可以按照以下步骤处理，以最大限度维护自身权益：
核实扣款依据与合法性
首先，要求公司出具书面扣款通知，明确扣款原因、金额及依据（如规章制度、劳动合同条款等）。根据《工资支付暂行规定》第十六条，公司仅能在两种情形下合法扣款：
- 法定扣款：如个人所得税、社保个人缴纳部分、法院判决的抚养费等；
- 约定扣款：需满足三个条件：
- 扣款条款在劳动合同中明确约定；
- 规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
- 每月扣款不得超过工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。
若公司无法提供合法依据，则属于违法克扣工资。
与公司协商解决
若扣款存在争议（如对考勤记录、绩效评分有异议），可先与公司人力资源部门或直接上级沟通，要求复核相关证据（如打卡记录、工作成果等）。保留书面沟通记录（如邮件、微信聊天记录），作为后续维权证据。
向劳动监察部门投诉
若协商无果，可向公司所在地的劳动保障监察大队投诉（可通过当地人社局官网查询联系方式）。投诉时需提交：
- 身份证复印件；
- 劳动合同或劳动关系证明（如工资条、工作证）；
- 扣款证据（如工资条、扣款通知）；
- 沟通记录（如有）。
劳动监察部门将在5个工作日内受理，并在60个工作日内完成调查，责令公司限期支付被扣工资。
申请劳动仲裁
若投诉未解决，可向劳动合同履行地或公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁（需在知道权益被侵害之日起1年内提出）。仲裁请求可包括：
- 要求公司支付被扣工资及50%-100%的赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）；
- 若因扣款导致生活困难，可同时申请先予执行（仲裁委可裁定公司先行支付部分工资）。
仲裁裁决具有法律效力，公司拒不履行可申请法院强制执行。
特殊情形处理
- 公司以“严重失职”等理由扣款：需公司证明你存在重大过错且造成损失，否则扣款违法；
- 公司未足额支付工资：除追讨差额外，还可依据《劳动合同法》第三十八条主张“被迫解除劳动合同”，并要求公司支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
行动建议：优先通过协商和投诉解决，若公司态度强硬或扣款金额较大，建议直接申请劳动仲裁。处理过程中务必保留所有证据原件，避免公司销毁或篡改。如有疑问，可随时向我咨询具体操作细节。