核心结论：这种情况可能涉及公司财务制度、劳动法律关系等多方面问题，需要分情况处理。以下是具体分析及建议：
1. 若扣款本身存在争议
若公司扣款缺乏合法依据（如未提前告知扣款规则、扣款金额超出法定比例等），老板私发款项可能属于“补发工资”或“补偿”，但需注意：
- 法律风险：公司财务制度要求工资应通过正规渠道发放，私发可能涉及偷逃税款、规避社保缴纳等风险，甚至可能被认定为“账外收入”。
- 建议：
- 要求公司出具书面说明，明确扣款原因、私发款项性质（如是否为补发工资、补偿金等），并加盖公章；
- 若扣款违法（如克扣工资），可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并支付赔偿金。
2. 若扣款合法但老板个人行为
若公司扣款合法（如因员工过错造成损失需赔偿），但老板出于个人关系私发款项，可能涉及：
- 劳动关系认定：私发款项可能模糊“公司行为”与“个人行为”的界限，若未来发生纠纷（如离职补偿、工伤赔偿等），可能影响权益主张。
- 建议：
- 与老板沟通，要求通过公司账户发放款项，并保留书面记录（如微信、邮件）；
- 若老板拒绝，可要求出具“个人赠与”声明，避免款项被认定为“公司收入”而需纳税。
3. 若涉及税务或财务违规
无论扣款是否合法，私发款项可能涉及：
- 税务风险：若款项未纳入公司账目，可能被认定为“隐匿收入”，需补缴个人所得税；
- 公司责任：若因私发导致公司财务混乱，可能面临税务处罚，甚至影响公司信誉。
- 建议：
- 提醒老板通过正规渠道发放款项，避免法律风险；
- 若已私发，可主动向公司财务说明情况，配合补缴税款或调整账目。
4. 若怀疑老板意图
若老板私发款项后要求返还、或以其他理由威胁，可能涉及：
- 欺诈或胁迫：需保留证据（如聊天记录、转账记录），必要时报警或起诉；
- 劳动关系恶化：若因此产生矛盾，可提前准备离职材料，维护自身权益。
总结建议：
- 优先通过书面形式（如邮件、微信）与老板或公司确认款项性质；
- 拒绝接受现金或私人转账，要求通过公司账户发放；
- 若公司拒绝整改，可向劳动监察部门投诉或咨询专业律师（当然，您可以直接向我提问）。
温馨提示：劳动法律关系复杂，涉及工资、社保、赔偿等问题需谨慎处理。如有具体细节（如扣款原因、金额、公司制度等），可进一步说明，我会为您详细分析。