针对您提出的“就业协议书上盖发票专用章是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、发票专用章的法律定位与用途
发票专用章，根据《印章治安管理办法》及相关税务规定，其法定用途主要限于财务结算领域，如收付款、开具发票、对账等财务活动。它并不具备签订合同的普遍效力，因为合同专用章或公章才是《中华人民共和国民法典》中默认的“盖章”形式，代表公司整体意志。
二、就业协议书的性质与盖章要求
就业协议书，作为毕业生与用人单位之间确立就业意向和权利义务的书面协议，具有合同的性质。因此，在签订此类协议时，通常应使用合同专用章或公章，以确保协议的法律效力和双方的权益。
三、发票专用章在就业协议书上的效力分析
原则性无效：由于发票专用章的主要用途并非签订合同，因此在就业协议书上加盖发票专用章，原则上并不具备签订合同的效力。这可能会引发关于协议真实性和有效性的争议。
例外情形：尽管原则性无效，但在某些特定情况下，如果双方能够证明加盖发票专用章是出于特定原因（如公司内部管理规定、紧急情况等），并且该行为得到了双方的认可和接受，同时协议内容合法且已实际履行，那么该协议可能仍然被视为有效。然而，这种情况较为罕见，且需要充分的证据支持。
风险与建议：从风险防控的角度来看，使用发票专用章签订就业协议书存在较大的法律风险。一旦发生争议，可能会因盖章问题而导致协议无效或部分无效。因此，建议双方在签订就业协议书时，务必使用合同专用章或公章，并确保盖章的真实性和合法性。
四、实务操作建议
明确约定印章类型：在就业协议书中明确约定应使用的印章类型，如“本协议须加盖公章/合同专用章生效”，以排除其他印章（如发票专用章）的适用。
加强内部管理：公司应制定完善的印章管理制度，明确各类印章的使用范围和审批流程，防止印章滥用和误用。
及时履行协议义务：无论使用何种印章签订协议，双方都应及时履行协议约定的义务，并保留相关证据（如付款记录、签收单等），以证明协议的实际履行情况。
综上所述，就业协议书上盖发票专用章在原则上并不具备签订合同的效力。为了确保协议的法律效力和双方的权益，建议双方在签订就业协议书时使用合同专用章或公章，并遵循相关法律法规和实务操作建议。