未申报综合工时制，用人单位将面临一系列严重的法律后果。以下是对此问题的详细分析：

1. 责令改正与警告：

   • 劳动行政部门在发现用人单位未经批准擅自实行综合工时制后，有权责令其立即停止这一违规行为。同时，劳动行政部门可能会对用人单位发出书面警告，明确指出其行为已经违反了劳动法律法规，并要求其在规定期限内进行整改，如恢复按照标准工时制度工作或重新依法申请并获批后再实施综合工时制。

2. 补办审批手续与罚款：

   • 用人单位需要尽快补办综合工时制度的审批手续，以确保其工时制度的合法性。若用人单位拒不执行改正要求或未按时补办审批手续，劳动行政部门将对其处以罚款。罚款的具体金额各地规定可能有所不同，但通常会依据违法情节、涉及劳动者人数等因素来确定。例如，某些地区可能规定对情节较轻的处以几千元罚款，情节严重的则可能会处以数万元的罚款，也有地区明确规定罚款金额为5000元以上1万元以下。

3. 支付加班费与经济补偿：

   • 如果因为用人单位违规实行综合工时制，导致劳动者加班且未依法获得加班费，或者劳动者的休息休假权益受到侵害，用人单位需要承担赔偿责任。这包括支付足额的加班费、未休年假工资报酬，以及对劳动者因工作时间过长导致的身体损害进行赔偿等。在未获得综合工时制审批的情况下，若按此制度计算员工的工作时间和加班工资，将被视为不合法。一旦产生劳动纠纷，司法机关通常会按照标准工时制来认定员工的工作时间和加班情况，这可能导致企业需要支付更高的加班工资。

4. 劳动者权利与救济途径：

   • 劳动者在面临用人单位未经批准擅自实行综合工时制的情况时，有权要求企业按照法律规定支付加班费或经济补偿。如果劳动者与用人单位因此产生劳动争议，劳动者可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼的方式来维护自己的合法权益。员工可能会向劳动监察部门投诉，这不仅影响企业的正常经营秩序，还会对企业声誉造成负面影响。

建议与总结：

• 立即停止违法行为：用人单位应立刻停止未经审批的综合工时制执行，恢复到标准工时制或已经审批的其他工时制度，以避免进一步的法律风险。
• 尽快补办审批手续：用人单位应向当地劳动行政部门提交综合工时制的申请材料，包括营业执照副本、申请书（明确说明申请实行综合工时制的工种或岗位、申请期限等内容）、员工代表大会或工会的意见等，具体要求可能因地区而异，应先咨询当地劳动部门了解详细的办理流程和所需材料清单。
• 与员工沟通协商：用人单位应与受影响的员工进行充分沟通，解释情况并寻求他们的理解和支持。如果因之前工时计算方式导致员工加班工资等权益受到影响，应与员工协商合理的补偿方案，以避免矛盾激化引发劳动纠纷。
• 加强内部管理：用人单位应加强对工时制度的管理，确保所有工时制度的执行都符合法律法规的要求。可以设立专门的合规部门或岗位，负责监督和管理企业的工时制度执行情况，以防止类似问题再次发生。

综合工时制度必须经过劳动行政部门的审批才能实施，且必须严格遵守相关的法律法规。用人单位应当充分认识到违规实行综合工时制的严重性，并切实保障劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。