结论：大型超市店长不准收银员戴口罩是否违法，需结合具体情况判断，一般而言，若因疫情防控等合理需求，店长不准戴口罩可能违法；若因特定工作场景或安全需求等合理原因，且能提供充分依据，则可能不违法。以下为详细分析：
一、从疫情防控等合理需求角度分析
在疫情防控期间，戴口罩是预防病毒传播、保护个人和他人健康的重要措施。根据《中华人民共和国传染病防治法》以及各地政府发布的疫情防控相关规定，公民有义务配合疫情防控工作，采取必要的防护措施。收银员作为超市等公共场所的工作人员，与顾客接触频繁，属于疫情防控的重点人群。
若当地政府或相关部门明确要求公共场所工作人员必须戴口罩：
- 店长不准收银员戴口罩，可能违反了政府或相关部门的疫情防控规定，属于违法行为。
- 收银员有权要求店长提供符合规定的防护措施，包括戴口罩。若店长拒绝，收银员可以向相关部门投诉或举报。
若超市内部有明确的疫情防控规定要求员工戴口罩：
- 店长作为超市的管理者，有责任确保员工遵守超市的疫情防控规定。
- 不准收银员戴口罩，可能违反了超市的内部规定，店长可能因此承担管理责任。
二、从特定工作场景或安全需求等合理原因角度分析
虽然戴口罩在一般情况下是必要的防护措施，但在某些特定工作场景或安全需求下，可能存在不准戴口罩的合理原因。
特定工作场景需求：
- 如收银员需要操作某些需要面部识别的设备，或戴口罩可能影响工作效率和准确性等。
- 在这种情况下，店长不准收银员戴口罩可能是出于工作需要的合理考虑。但店长应提供其他有效的防护措施，如增加消毒频次、提供手套等，以确保收银员的健康和安全。
安全需求：
- 在某些特殊情况下，如发生火灾、地震等紧急情况时，戴口罩可能影响收银员的呼吸和逃生能力。
- 若店长基于安全考虑，在紧急情况下不准收银员戴口罩，可能是合理的。但店长应确保在紧急情况发生前，收银员已经接受了必要的安全培训和演练，并知道如何在不戴口罩的情况下保护自己。
三、法律建议
对于收银员：
- 若店长不准戴口罩且无法提供合理依据，收银员可以向相关部门投诉或举报，维护自己的合法权益。
- 在投诉或举报前，收银员可以收集相关证据，如店长的不准戴口罩的通知、超市的疫情防控规定等，以支持自己的主张。
对于店长：
- 在做出不准戴口罩的决定前，店长应充分考虑疫情防控等合理需求，以及特定工作场景或安全需求等合理原因。
- 若店长认为不准戴口罩是合理的，应提供充分的依据和解释，并与收银员进行充分沟通，以避免不必要的纠纷和法律风险。
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