员工身孕休息期间是有工资的。根据我国相关法律规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内的各项劳动权益受到特殊保护。具体来说：

1. 孕期工资：

   • 女职工在怀孕期间，用人单位应当按照国家有关规定和劳动合同的约定，支付其工资。
   • 如果女职工因怀孕不能胜任原工作，用人单位应当根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动，并且不得降低其工资待遇。

2. 产假工资：

   • 女职工生育享受产假期间，用人单位应当支付其产假工资，产假工资的标准通常按照女职工生育前的月工资标准支付。
   • 如果女职工参加了生育保险，那么产假期间的工资将由生育保险基金支付，用人单位不再支付工资，但应当支付女职工生育津贴。

3. 哺乳期工资：

   • 女职工在哺乳期内，用人单位同样应当按照国家有关规定和劳动合同的约定，支付其工资。
   • 如果女职工因哺乳不能胜任原工作，用人单位也应当根据其实际情况，予以适当照顾，并且不得降低其工资待遇。

综上所述，员工在身孕休息期间，无论是孕期、产期还是哺乳期，都有权获得相应的工资待遇。如果用人单位违反相关法律规定，不支付或者降低女职工的工资待遇，女职工可以依法向劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。