结论：职工本人申请退职，但职工手册上却记载为除名，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

一、退职与除名的法律定义及区别

1. 退职：通常指的是职工因个人原因（如年龄、健康、家庭等）主动提出离职，并与用人单位协商一致后解除劳动关系的行为。退职一般不涉及用人单位对职工的负面评价或处罚。

2. 除名：则是指用人单位因职工严重违反规章制度、旷工等原因，单方面决定解除与职工的劳动关系，并对职工进行的一种负面处理。除名通常伴随着对职工的纪律处分或经济处罚。

二、职工手册的效力及内容合法性

1. 职工手册的效力：职工手册是用人单位制定的内部规章制度，用于规范职工的行为和用人单位的管理。如果职工手册的制定程序合法（如经过职工代表大会或全体职工讨论、协商确定），且内容不违反法律法规的强制性规定，那么职工手册对职工和用人单位均具有约束力。

2. 内容合法性：职工手册中关于退职和除名的规定，必须符合法律法规的规定。如果职工手册中的规定与法律法规相抵触，或者对职工进行了不合理的限制或处罚，那么这些规定可能被认定为无效。

三、具体情境下的合法性分析

1. 如果职工手册中的除名规定合法且职工确实存在除名情形：

   • 在这种情况下，即使职工本人申请退职，但如果其实际行为符合职工手册中除名的条件（如严重违反规章制度、旷工等），用人单位仍有权按照职工手册的规定对其进行除名处理。然而，这并不意味着用人单位可以随意将职工的退职申请改为除名，必须确保除名决定的合法性和合理性。

2. 如果职工手册中的除名规定不合法或职工不存在除名情形：

   • 如果职工手册中的除名规定违反了法律法规的强制性规定，或者职工本人并不存在除名情形（如只是因个人原因申请退职），那么用人单位将职工的退职申请记载为除名就是不合法的。这种情况下，职工有权要求用人单位更正其档案记录，并可能因此获得相应的法律救济。

四、建议与措施

1. 核实职工手册的合法性：职工应首先核实职工手册的制定程序和内容是否合法，特别是关于退职和除名的规定。

2. 与用人单位沟通：如果职工认为用人单位的记载不合法或不合理，可以与用人单位进行沟通，要求更正档案记录。

3. 寻求法律救济：如果沟通无果，职工可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

最后，职工本人申请退职但职工手册上记载为除名是否合法，需根据具体情况来判断。如果你面临类似情况，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。