结论：单位扣工资并降低社保缴纳基数的行为是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 关于扣工资的合法性
   根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位仅在以下情形可扣减工资：

   • 代扣代缴个人所得税、社保个人部分、法院判决的抚养费等法定费用；
     
   • 因劳动者原因造成经济损失，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。
     若单位无正当理由扣减工资（如未提前书面约定、未举证经济损失等），则属于违法行为，您可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁要求补发。

2. 关于降低社保基数的合法性
   社保缴费基数应基于劳动者上年度月平均工资确定（《社会保险法》第六十条）。单位不得擅自降低缴费基数，即使您离职，单位也需按实际工资标准缴纳至离职当月。

   • 若单位未按实际工资缴纳社保，您可向当地社保经办机构举报，要求单位补缴差额；
     
   • 若单位以“离职”为由少缴，属于违法行为，您同样有权主张权益。

3. 特殊情形：离职手续与工资结算的关联性
   若您未办理离职交接或存在未归还财物等情形，单位可依据规章制度暂扣部分工资，但需满足：

   • 规章制度经民主程序制定并公示；
     
   • 扣减比例合理（通常不超过月工资的20%）；
     
   • 扣除后工资不低于最低工资标准。
     若单位以“离职”为由直接扣减工资或降低社保基数，且无法证明合理性，则构成违法。

行动建议：

1. 收集证据：劳动合同、工资条、社保缴费记录、离职证明等；
   
2. 与单位协商，要求书面说明扣减依据；
   
3. 若协商无果，向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步细节（如扣减比例、单位具体理由等），可随时补充说明，我会为您详细分析。