在行政案件中，若机关单位拒不提交其保存的证据，可以按照以下方式处理：

1. 申请法院责令提交：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，当事人有权申请人民法院责令行政机关提交其保存的证据。这是保障当事人举证权利、确保案件公正审理的重要措施。
   • 当事人应在举证期限内提出申请，并说明理由。法院在审查后，认为有必要且行政机关确实保存有相关证据的，会责令行政机关提交。

2. 推定对方不利：

   • 若行政机关无正当理由拒不提交其保存的证据，且该证据对案件事实认定具有关键作用，法院可以根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》等相关规定，推定该证据不利于行政机关。
   • 这种推定是基于行政机关的举证责任和诚信原则，旨在防止行政机关利用证据优势逃避法律责任。

3. 采取强制措施：

   • 在极端情况下，如果行政机关拒不执行法院的责令提交证据决定，法院可以采取进一步的强制措施，如罚款、拘留等，以确保判决的权威性和执行力。
   • 但这一步骤通常较为严厉，且需要法院根据具体情况进行裁量，确保措施的合法性和合理性。

4. 结合其他证据综合判断：

   • 在行政机关拒不提交证据的情况下，法院还可以结合其他在案证据，如当事人陈述、证人证言、鉴定意见等，对案件事实进行综合判断。
   • 这要求法院在审理过程中保持高度的审慎和公正，确保案件事实的认定不受单一证据缺失的影响。

建议：

• 当事人在遇到行政机关拒不提交证据的情况时，应及时向法院提出申请，并积极配合法院的调查取证工作。
• 同时，当事人也应尽可能收集其他相关证据，以支持自己的主张，确保案件的公正审理。

在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。