在行政处罚调查程序中，若被调查人拒绝提交相关证据资料，行政机关可以采取以下措施进行处理：

1. 依法责令提交
   根据《行政处罚法》及相关法规，行政机关有权要求被调查人配合调查，包括提交与案件相关的证据资料。若被调查人无正当理由拒绝提交，行政机关可以书面形式责令其限期提供，并明确告知拒绝配合的法律后果（如证据可能被直接采信不利后果、面临更严厉处罚等）。

2. 直接采信现有证据
   若被调查人拒绝提交证据，且行政机关已通过其他合法途径（如现场检查、询问第三方、调取公共记录等）收集到充分证据，可直接依据现有证据认定事实。此时，被调查人的拒绝行为可能被视为“不配合调查”，作为行政机关从重处罚的考量因素之一。

3. 申请法院强制执行（特定情形）
   在极少数情况下，若被调查人拒绝提交的证据属于关键性、唯一性材料（如财务账簿、技术文件等），且行政机关无法通过其他途径获取，可依据《行政强制法》向法院申请强制执行，要求被调查人提交证据。但此程序需严格符合法定条件，实践中适用较少。

4. 推定不利后果（证据规则适用）
   根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》，若被调查人拒不提供由其保管的证据，且该证据与案件事实直接相关，行政机关可结合其他证据推定其主张不成立（如推定其存在违法行为）。这一规则在行政处罚中亦可参照适用。

5. 行政处罚与信用惩戒结合
   若被调查人持续拒绝配合调查，行政机关除依法作出行政处罚外，还可将其行为记入信用记录，实施联合惩戒（如限制参与政府采购、申请补贴等），形成威慑。

实务建议：

• 行政机关应全程留痕，通过书面通知、录音录像等方式固定被调查人拒绝配合的证据；
  
• 优先通过柔性手段（如说服教育、告知利害）促使被调查人配合，避免激化矛盾；
  
• 若涉及复杂证据问题，建议及时咨询专业律师，确保程序合法性。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的应对策略。