结论：双方可以在调解书中约定如逾期付款则征迁协议无效，但这样的约定可能面临法律上的挑战和不确定性，具体效果需视实际情况和法律规定而定。

分析说明：

1. 调解书的法律效力：

   • 调解书是双方自愿达成的协议，一旦签署并经法院确认，即具有法律效力，对双方均具有约束力。
   • 调解书的内容应当合法、合规，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家、集体或第三人的利益。

2. 逾期付款与征迁协议无效的约定：

   • 双方可以在调解书中约定逾期付款的违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
   • 约定如逾期付款则征迁协议无效，这种条款在法律上属于附条件的合同条款。即当特定条件（逾期付款）成就时，合同（征迁协议）的效力将受到影响。
   • 然而，这种约定可能面临法律上的挑战。因为征迁协议本身是一个独立的合同，其效力通常不应因另一合同（调解书）中的条件成就而受到影响。除非这种约定符合法律规定的特定情形，如因欺诈、胁迫等导致合同无效的情形。

3. 法律实践中的考量：

   • 在法律实践中，法院在审查调解书时，会关注其是否合法、合规，以及是否损害国家、集体或第三人的利益。
   • 如果调解书中的约定违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，法院可能会不予确认或者撤销该调解书。
   • 即使调解书中的约定没有违反法律、行政法规的强制性规定，但如果该约定显失公平或者存在其他不合理之处，法院也可能在确认调解书时进行相应的调整。

4. 建议：

   • 双方在签订调解书时，应谨慎考虑逾期付款与征迁协议无效的约定，确保该约定合法、合规且合理。
   • 如果双方确实希望设立这样的条款，建议咨询专业律师，以确保该条款的法律效力和可执行性。
   • 在实际履行过程中，如果发生逾期付款的情况，双方应首先通过协商解决争议。如果协商不成，可以依法向法院提起诉讼或者申请仲裁。

后续行动建议：

• 如果双方已经签订了包含此类约定的调解书，并且担心其法律效力或可执行性，建议尽快咨询专业律师进行评估和指导。
• 在未来的合同签订过程中，双方应更加谨慎地考虑合同条款的设置，确保合同条款的合法性、合规性和合理性。

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