在综合工时制下，年休假不应算作工时。以下是对这一结论的详细解释：

一、年休假性质与法律规定

年休假是《职工带薪年休假条例》赋予劳动者的合法权益，其本质是为了让劳动者在连续工作一定时间后能够有时间休息和放松，恢复体力和精力。根据该条例，无论采用何种工时制度，职工均享有带薪年假的权利，且年假期间工资照发。这一规定体现了对劳动者休息权利的尊重和保护。

二、综合工时制的特点与工时计算

综合工时制是一种特殊的工时制度，它以一定周期（如周、月、季、年）为单位综合计算工作时间。在这种制度下，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，但具体的工作时间安排更加灵活。然而，工时计算主要依据劳动者实际从事工作的时间，年休假期间劳动者并未实际提供劳动，因此不应将年休假时间计算在工时内。

三、实际操作中的考量因素

1. 工资支付：

   • 劳动者在年休假期间是享有带薪待遇的，用人单位应按照劳动者正常工作期间的工资收入支付年休假工资报酬。这一规定确保了劳动者在享受年休假的同时，不会因未实际工作而遭受经济损失。

2. 工时统计与管理：

   • 用人单位在统计和管理综合工时制下的工时情况时，应明确区分正常工作时间、加班时间和年休假时间等不同的时间类别。这有助于用人单位准确核算工时，确保劳动者的合法权益得到有效保障。

3. 合理安排工作与休息：

   • 用人单位应合理安排员工的工作和休息时间，确保劳动者在综合计算周期内既能完成工作任务，又能享受到充分的休息。通过合理的工作安排和休息制度，可以提高劳动者的工作效率和满意度，同时降低因过度劳累而导致的健康问题和安全风险。

四、未休年假的补偿

如果用人单位经职工同意不安排年休假或安排天数少于应休天数的，需按照职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含正常工作期间的工资收入。这一规定进一步体现了对劳动者休息权利的保障，确保劳动者在因工作原因未能享受年休假时能够得到相应的经济补偿。

总结与建议：

在综合工时制下，年休假是劳动者依法享有的休息休假权利，不应计入工时总数中。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到有效保障。如果在实际操作中遇到任何问题或争议，建议及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。