周末请假扣全勤是否合法，主要取决于劳动合同的具体约定、公司规定的合理性以及是否违反法律法规的强制性规定。以下从不同角度为你详细分析：
一、从工时制度角度分析
标准工时制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，国家实行每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时（或40小时，根据具体规定）的工时制度。周末通常是劳动者的法定休息日，与正常工作日的工时是独立的。
- 结论：因此，在标准工时制下，公司不能因劳动者平时请假就扣除其周末的全勤或工时，这种做法通常是不合法的。
其他工时制（如不定时工作制或综合计算工时工作制）：
- 对于实行不定时工作制或综合计算工时工作制的用人单位，虽然工时管理方式可能有所不同，但同样需要遵守相关法律法规，并经过相应审批程序。
- 结论：在这些特殊工时制下，公司也不能随意将周末工时与平时请假关联扣除，除非劳动合同或公司规章制度中有明确且合法的约定。
二、从请假制度角度分析
事假：
- 劳动者因个人原因请假时，用人单位可以依据规章制度进行审批和管理。然而，这种管理应当合理且合法，不能将请假与其他不相关工时进行不合理抵扣。
- 结论：员工履行了请假手续后，公司扣除周末全勤作为惩罚或补偿是无法律依据的，这种做法通常是不合法的。
病假：
- 根据相关规定，劳动者因病需要停止工作治病休息时，用人单位应给予医疗期并支付病假工资。
- 结论：在病假情况下，公司更不能扣除劳动者的周末全勤或工时，否则将构成对劳动者合法权益的侵害。
三、合法与不合法情况的具体分析
合法情况：
- 如果劳动合同中明确规定了请假扣除全勤的方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除方式可能是合法的。
- 另外，如果公司规章制度中有相关规定，且该规定合理、公平，不损害劳动者权益，并经过了劳动者的同意或公示程序，那么也可能被视为合法。
不合法情况：
- 如果劳动合同未约定或约定不明确，且公司规定不合理、不公平，那么扣除周末全勤的做法通常是不合法的。
- 任何扣除行为都不能违反法律法规的强制性规定，如扣除周末全勤可能构成对劳动者休息权或劳动报酬权的侵害。
四、劳动者权益保护建议
- 仔细阅读劳动合同和公司规章制度：了解自己的权益和义务，特别是关于请假和全勤扣除的规定。
- 与公司协商：如果认为公司的做法不合法或不合理，可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
- 寻求法律帮助：如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：周末请假扣全勤是否合法，需要综合考虑劳动合同约定、公司规定的合理性以及法律法规的强制性规定。作为劳动者，应当仔细阅读相关合同和规章制度，了解自己的权益和义务，并在必要时寻求法律帮助以维护自身权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。