结论：企业出纳死亡三年后，其收取的款项是否还能追回，需根据具体情况判断，包括款项性质、企业是否及时主张权利、诉讼时效等因素。以下从不同角度详细分析：
一、款项性质与追回可能性
职务侵占或挪用资金：
- 若出纳在任职期间利用职务便利，将企业资金非法占为己有或挪作他用，且未归还，这构成职务侵占或挪用资金。
- 企业作为受害方，有权向出纳的继承人（在遗产范围内）或相关责任人追偿。即使出纳已死亡，企业仍可依法主张权利。
正常业务往来款项：
- 若出纳收取的款项属于企业正常业务往来中的应收款项，如客户支付的货款、服务费等，且出纳未私自截留或挪用。
- 在这种情况下，企业应继续通过正常业务渠道追讨，如与客户沟通、发送催款通知、提起诉讼等。出纳的死亡不影响企业追讨应收款项的权利。
二、诉讼时效与追回期限
诉讼时效期间：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 若企业知道或应当知道出纳侵占或挪用资金的时间较晚，且该时间距离出纳死亡未超过三年，企业仍可在诉讼时效期间内提起诉讼。
诉讼时效中断与延长：
- 若企业在诉讼时效期间内采取了向出纳或其继承人主张权利、提起诉讼等措施，诉讼时效可能中断并重新计算。
- 在特定情况下，如企业因不可抗力或其他正当理由无法及时行使权利，诉讼时效可能延长。
三、实际操作建议
收集证据：
- 企业应尽快收集与出纳收取款项相关的所有证据，包括合同、发票、收据、银行转账记录、出纳的任职文件等。
- 这些证据将有助于证明款项的性质、出纳的责任以及企业的损失。
咨询专业律师：
- 由于涉及法律程序和诉讼时效等复杂问题，企业应咨询专业律师以获取具体法律建议。
- 我是谢万扬律师，专注于公司事务、经济纠纷领域，你可以直接向我咨询相关法律问题。
采取法律措施：
- 根据律师的建议，企业可以采取向出纳的继承人发送催款通知、提起诉讼或申请仲裁等法律措施来追回款项。
- 在提起诉讼时，企业应注意诉讼时效的问题，并确保在诉讼时效期间内完成所有必要的法律程序。
四、特殊情况考虑
出纳无遗产或遗产不足：
- 若出纳死亡后无遗产或遗产不足以清偿其债务，企业可能面临无法全额追回款项的风险。
- 在这种情况下，企业可以考虑与其他责任人（如出纳的上级、共谋者等）协商追偿或提起共同诉讼。
企业内部管理问题：
- 若出纳能够长期侵占或挪用资金而未被发现，可能反映出企业内部管理存在漏洞。
- 企业应借此机会加强内部管理，完善财务制度和监督机制，防止类似事件再次发生。