若员工因故意或重大过失对公司造成损失超过两万元，一般需根据实际损失情况、双方过错程度进行赔偿，具体赔偿方式需结合劳动合同、公司制度及法律规定综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 劳动合同及公司制度层面
   若劳动合同或公司规章制度中明确约定了“员工因故意或重大过失造成公司损失的赔偿规则”（如按损失比例赔偿、设定赔偿上限等），且制度内容合法（如已通过民主程序制定、已向员工公示），则公司可依据约定要求员工赔偿。
   例如：若制度规定“员工因重大过失造成损失的，赔偿实际损失的50%，但不超过月工资的20%”，则员工需按此标准赔偿，即使实际损失超两万，赔偿额也可能受月工资比例限制。

2. 法律规定层面
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失；若劳动合同无约定，可依据公司规章制度赔偿。
   关键限制：

   • 赔偿金额不得超过员工当月工资的20%；
     
   • 若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
     例如：员工月工资8000元，即使造成损失5万元，每月最多扣除1600元（8000×20%），直至赔完或离职结清。

3. 过错程度与因果关系
   公司需证明损失与员工行为存在直接因果关系，且员工存在故意或重大过失（如严重违反操作规程、明知故犯等）。若员工仅存在一般过失（如轻微疏忽），或损失由多方原因导致（如公司管理漏洞、第三方因素），则员工可能无需全额赔偿，甚至不承担赔偿责任。
   例如：员工因操作失误导致设备损坏，但公司未提供培训且设备老化，此时员工可能仅承担部分责任。

4. 特殊情形处理

   • 第三方侵权：若损失由第三方侵权导致（如客户诈骗），员工无过错时无需赔偿，公司应向第三方追责。
     
   • 刑事责任：若员工行为涉嫌犯罪（如职务侵占、挪用资金），公司可报警处理，刑事追责不影响民事赔偿，但赔偿范围可能受刑事退赔程序影响。

建议行动：

1. 公司应先核查劳动合同、规章制度是否明确赔偿规则，并确认制度合法性；
   
2. 收集损失证据（如财务记录、合同、第三方证明）及员工过错证据（如监控、操作记录、证人证言）；
   
3. 与员工协商赔偿方案，若协商不成，可通过劳动仲裁或诉讼解决，但需注意赔偿金额受工资比例限制；
   
4. 若涉及刑事犯罪，立即报警并配合调查。
   

如有具体案件细节（如员工岗位、损失原因、制度内容等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。