结论：离职店长不让你填写离职申请，这并不影响你正常离职的权利。你可以通过多种途径来维护自己的合法权益，包括与店长沟通、向公司上级或人力资源部门反映情况，以及在必要时申请劳动仲裁。
详细分析：
离职申请的法律性质：
- 离职申请是员工向公司表达离职意愿的书面文件，它并不是离职的法定必要条件。根据《劳动合同法》的相关规定，员工有权提前通知用人单位解除劳动合同，这是员工的法定权利。
店长无权阻止离职：
- 店长作为公司的管理人员，无权阻止员工正常离职。如果店长以不让你填写离职申请为由阻止你离职，这可能构成对员工合法权益的侵害。
应对策略：
- 与店长沟通：首先，你可以尝试与店长进行友好沟通，解释你的离职意愿和原因，争取店长的理解和支持。
- 向公司上级或人力资源部门反映：如果与店长沟通无果，你可以向公司的上级管理人员或人力资源部门反映情况，寻求他们的帮助和支持。
- 准备离职材料：无论店长是否同意，你都可以准备离职所需的材料，如离职申请书、工作交接清单等，以备不时之需。
- 申请劳动仲裁：如果公司以不让你填写离职申请为由拒绝办理离职手续或克扣工资等，你可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
注意事项：
- 保留证据：在与店长沟通或向公司反映情况时，注意保留相关证据，如聊天记录、邮件、录音等，以备在劳动仲裁或诉讼中使用。
- 遵守离职程序：尽管店长可能试图阻止你离职，但你仍应尽量遵守公司的离职程序，如完成工作交接、归还公司财物等，以避免不必要的纠纷。
后续行动建议：
- 如果你已经决定离职，并且店长仍然拒绝让你填写离职申请，我建议你尽快向公司的上级管理人员或人力资源部门反映情况，并准备好离职所需的材料。
- 如果公司仍然拒绝办理离职手续或克扣工资等，你可以考虑向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁前，建议你先咨询我，了解具体的仲裁流程和注意事项。
法律后果：
- 如果店长或公司违反了相关法律法规，如阻止员工正常离职、克扣工资等，他们可能会面临劳动仲裁机构的裁决或法院的判决，需要承担相应的法律责任。
总之，离职店长不让你填写离职申请并不影响你正常离职的权利。你有权通过多种途径来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。