结论：公司扣员工6%的管理费是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
双方约定且不违反法律法规：
- 如果公司与员工在劳动合同或相关协议中明确约定了管理费的扣除比例和方式，且该约定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公司扣除管理费的行为可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的订立应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。只要双方约定不违反法律法规，即具有法律效力。
符合行业惯例或公司规章制度：
- 在某些特定行业或公司中，扣除管理费可能是一种行业惯例或公司规章制度。如果这种惯例或制度已经过合法程序制定，并向员工进行了公示或告知，且员工未提出异议，那么公司扣除管理费的行为也可能被视为合法。
- 注意点：行业惯例或公司规章制度不能违反国家法律法规的强制性规定，否则无效。
二、非法情形
未经员工同意擅自扣除：
- 如果公司未经员工同意，擅自扣除管理费，且该扣除行为没有法律依据或合同约定，那么这种行为是违法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。未经劳动者同意，用人单位不得擅自扣除劳动者的工资。
扣除比例过高或违反法律法规：
- 即使双方有约定扣除管理费，但如果扣除比例过高，或者该约定违反了国家法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么这种扣除行为也是违法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条的规定，国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果扣除管理费后，员工的工资低于当地最低工资标准，那么公司的扣除行为就是违法的。
三、建议与行动
核查劳动合同和公司规章制度：
- 员工应首先核查自己的劳动合同和公司规章制度，看是否有关于管理费扣除的约定或规定。
与公司协商：
- 如果员工认为公司的扣除行为不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司停止扣除或调整扣除比例。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
最后，公司扣员工6%的管理费是否合法，需根据具体情况判断。如果员工对此有疑问或认为公司的扣除行为不合法，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。