公司扣主管管理费是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若未经合法程序或未在劳动合同中明确约定，公司扣主管管理费可能不合法。以下从不同角度进行分析：
从劳动合同角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则订立劳动合同。劳动合同中应当明确约定工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等条款。
- 如果劳动合同中并未明确约定公司有权扣除主管的管理费，那么公司擅自扣除可能构成对劳动合同的违反，侵犯了劳动者的合法权益。
从公司规章制度角度：
- 公司有权制定内部规章制度，但这些规章制度必须合法、合理，并且不得与法律法规相抵触。
- 如果公司规章制度中明确规定了扣除主管管理费的条款，并且该条款经过了合法程序（如职工代表大会讨论、公示等），那么在符合法律法规的前提下，公司扣除管理费可能具有一定的合法性。但即便如此，也需要确保扣除的金额和方式合理，不损害劳动者的基本权益。
从法律法规角度：
- 目前，我国法律法规并未明确规定公司可以扣除主管的管理费。因此，公司扣除管理费的行为缺乏直接的法律依据。
- 如果公司扣除管理费的行为导致劳动者的劳动报酬低于当地最低工资标准，或者违反了其他法律法规的规定，那么该行为可能构成违法。
法律建议：
- 如果主管认为公司扣除管理费的行为不合法，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除管理费的依据和理由。
- 如果沟通协商无果，主管可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 在处理此类问题时，建议主管保留好相关证据（如劳动合同、工资条、公司规章制度等），以便在需要时提供证明。
可能的法律后果：
- 如果公司扣除管理费的行为被认定为违法，那么公司可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。
- 同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
综上所述，公司扣主管管理费是否合法需根据具体情况判断。如果主管对此有疑问或担忧，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。