结论：公司扣除人民陪审员陪审当天的工资一般是不合法的，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
法律角度
《中华人民共和国人民陪审员法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国人民陪审员法》第二十九条，人民陪审员参加审判活动期间，所在单位不得克扣或者变相克扣其工资、奖金及其他福利待遇。
- 这意味着，如果员工被选为人民陪审员并参加陪审活动，其所在单位（即公司）在陪审期间不得扣除其工资。
《中华人民共和国劳动法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
- 陪审活动可以被视为一种依法参加的社会活动，因此，在陪审期间，公司应当支付员工工资。
实际情况角度
公司政策与劳动合同：
- 尽管法律有明确规定，但某些公司可能在其内部政策或劳动合同中有不同的规定。然而，这些内部规定或合同条款不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果公司政策或劳动合同中明确规定了扣除陪审期间工资的情况，且该规定与法律法规相抵触，则该规定是无效的。
员工与公司的沟通：
- 如果员工发现自己因陪审而被扣除工资，首先应当与公司进行沟通，了解公司扣除工资的具体原因和依据。
- 如果公司无法提供合理的解释或依据，或者其解释和依据与法律法规相抵触，员工可以进一步采取法律措施维护自己的权益。
建议与措施
与公司协商：
- 员工可以与公司进行协商，要求公司补发被扣除的工资，并明确告知公司相关法律法规的规定。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结：从法律角度来看，公司扣除人民陪审员陪审当天的工资是不合法的。员工在遇到此类情况时，应当首先与公司进行沟通协商，如果无法解决问题，可以进一步采取法律措施维护自己的权益。如果你还有其他关于劳动工伤方面的疑问，可以直接向我咨询。