结论：公司给3天年假但扣工龄的做法一般是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
法律背景与年假规定
根据《职工带薪年休假条例》以及相关劳动法律法规，职工的年假天数是根据其累计工作年限来确定的，而非仅依据在当前公司的工作年限。具体来说：
- 累计工作年限与年假天数：
- 职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；
- 已满10年不满20年的，年休假10天；
- 已满20年的，年休假15天。
这里的“累计工作年限”是指职工在整个职业生涯中的工作年限总和，而不仅仅是在当前公司的工作年限。
- 公司做法的合法性分析：
- 如果公司仅根据职工在本公司的工作年限来确定年假天数，并且因此扣减了职工的累计工龄，从而减少了年假天数，这种做法是不合法的。因为年假天数应基于职工的累计工作年限来计算，而非仅基于在当前公司的工作年限。
- 公司无权单方面改变年假的计算方式，更不能通过扣减工龄来减少职工的年假天数。这种做法侵犯了职工的合法权益。
可能的法律后果与建议
法律后果：
- 如果公司坚持这种不合法的做法，职工有权向劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为并补发相应的年假工资或安排补休。
- 在极端情况下，如果公司因此解雇职工或采取其他报复措施，职工还可以依法提起劳动仲裁或诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
建议：
- 作为职工，你应首先了解自己的累计工作年限和应享有的年假天数。如果公司给出的年假天数少于你应享有的天数，你可以与公司进行沟通协商，要求公司按照法律规定给予你应有的年假。
- 如果公司拒绝改正或采取报复措施，你可以及时收集相关证据（如工作证明、工资单、年假记录等），并向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
实际操作中的注意事项
- 在与公司沟通时，保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和依据。
- 保留好所有与年假相关的证据和文件，以备不时之需。
- 如果对法律程序不熟悉或担心自己的权益得不到保障，可以寻求专业律师的帮助。
总之，公司给3天年假但扣工龄的做法是不合法的。作为职工，你有权了解自己的权益并依法维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。