全年奖金已扣除，年度综合所得税退税又扣税，这一做法是否合法，需结合具体情况来判断，但通常情况下，若符合退税条件，退税时再次扣税是不合法的。以下从多个角度为您详细分析：

一、全年一次性奖金的计税方式与退税原理

全年一次性奖金在计税时，有两种主要方式：单独计税和并入综合所得计税。单独计税是将奖金除以12个月，按按月换算后的综合所得税率表确定税率和速算扣除数；并入综合所得计税则是将奖金与当年的工资、薪金等综合所得合并，按综合所得的适用税率计税。

退税的原理在于，若实际应纳税额低于已预扣的税额，即可申请退还多缴的税款。这通常发生在以下情况：

1. 全年综合所得收入额不足6万元但平时预缴过个人所得税：

   • 若全年综合所得（含奖金）总收入未达6万元，而奖金已按一次性扣税方式预缴了税款，年度汇算时可能因整体应纳税所得额为零或较低而申请退税。

2. 有符合条件的专项附加扣除未在预扣预缴时充分扣除：

   • 专项附加扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等。若这些扣除在预扣预缴时未被充分考虑，年度汇算时可补充申报，可能产生退税。

3. 预缴税款时税率适用错误：

   • 若在计算奖金扣税时，因计算失误或对税收政策理解偏差，导致税率适用不当而多缴税，年度汇算时税务机关会重新核算，对多缴部分予以退还。

二、退税时再次扣税的不合法性分析

在符合退税条件的情况下，退税时再次扣税通常是不合法的。退税的本质是退还多缴的税款，若退税时再次扣税，则违背了退税的初衷。然而，也需注意以下特殊情况：

• 退税后发现新的应纳税事项：

  • 若在退税后，税务机关发现纳税人存在新的应纳税事项（如未申报的收入、错误的扣除等），则可能要求纳税人补缴税款，并可能加收滞纳金或罚款。但这与退税时再次扣税是不同的概念。

• 退税申请错误或虚假申报：

  • 若纳税人因自身原因（如计算错误、故意隐瞒等）导致退税申请错误或虚假申报，税务机关在审核发现后，不仅会拒绝退税申请，还可能要求纳税人补缴税款，并视情节轻重给予处罚。

三、申请退税的流程与注意事项

若您认为符合退税条件，可按照以下流程申请退税：

1. 下载并注册“个人所得税APP”：

   • 这是进行退税申请的主要平台。

2. 完善个人信息和专项附加扣除信息：

   • 确保所有相关信息都准确无误，特别是专项附加扣除部分。

3. 进入综合所得年度汇算界面：

   • 选择对应的申报年度，并按照提示填写或确认相关数据。

4. 选择计税方式并比较：

   • 对于全年一次性奖金，可以尝试两种计税方式，并比较哪种方式下的应纳税额更低。

5. 提交申报并申请退税：

   • 确认所有数据无误后，提交申报。如果存在退税金额，即可点击“申请退税”，并选择退税银行卡。税务机关审核通过后，退税款将直接退至指定的银行卡账户。

注意事项：

• 确保个人符合退税条件，并准备好相关证明材料。
• 密切关注税收政策变化，及时咨询专业意见（如有需要，可直接向我咨询）。
• 保留好相关证明材料，以备税务机关审核。

综上所述，全年奖金已扣除后，若符合退税条件，退税时再次扣税通常是不合法的。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。