1. 核心结论：针对生产员工就餐超规定时长且超20天的情况，企业可依据内部规章制度处理，但需确保制度合法、程序合规，避免侵犯员工权益。具体处理方式需结合企业制度、员工行为性质及证据情况综合判断。

2. 分情况说明：

   • 若企业有明确制度且合法有效：

     • 制度依据：企业可通过民主程序制定《员工手册》或《考勤管理制度》，明确就餐时间限制及超时处理规则（如警告、扣薪、解除合同等），并已向员工公示或培训确认。
     • 处理程序：需先核实超时事实（如监控记录、打卡记录、同事证言等），确认员工是否存在故意或重大过失。若制度规定“累计超时20天可解除合同”，企业需证明超时行为严重违反劳动纪律，且已履行书面警告等前置程序。
     • 风险提示：若制度未公示、未培训，或处理程序瑕疵（如未提前通知工会），可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N）。

   • 若企业无明确制度或制度违法：

     • 制度瑕疵：若企业未制定相关制度，或制度内容违反《劳动合同法》（如“超时即开除”未区分情节），则无法直接依据制度处理。
     • 处理建议：企业可先与员工协商补签制度或达成书面整改协议；若员工拒绝，可依据《劳动法》第3条“劳动者应遵守劳动纪律”进行教育，但不得随意扣薪或解除合同。
     • 替代方案：若超时行为影响生产秩序，企业可调整排班、增设就餐时段，或通过绩效管理引导员工遵守时间。

3. 员工权益保护：

   • 申诉渠道：员工若认为处理不当，可向企业工会或劳动争议调解委员会申诉，或直接申请劳动仲裁。
   • 证据保留：员工应保留工资条、考勤记录等证据，证明超时是否因企业安排（如强制加班导致就餐延迟）或自身原因。
   • 赔偿主张：若企业违法解除合同，员工可主张继续履行合同或索要赔偿金；若扣薪违法，可要求补发工资并加付50%-100%赔偿金。

4. 合规建议：

   • 制度完善：企业应定期修订制度，明确就餐时间、超时定义及处理流程，并通过职工代表大会讨论、公示等方式确保合法性。
   • 程序合规：处理员工时需履行书面通知、听取申辩、工会报备等程序，避免程序瑕疵。
   • 人性化管理：对因特殊情况（如疾病、家庭突发事务）导致的超时，可酌情宽容处理，体现企业关怀。

提示：具体处理需结合企业制度文本、员工行为证据及当地劳动法规，建议企业先内部核查，必要时咨询专业律师制定方案。如有进一步疑问，可直接向我提问。