结论前置：员工连续请假超过20天，企业需根据请假性质、规章制度及法律规定综合处理，具体可分为以下几种情况：

1. 请假性质为法定假期或医疗期

• 法定假期（如婚假、产假、陪产假、丧假等）：若员工请假符合法定条件（如提供结婚证、死亡证明、医疗证明等），企业应批准假期，不得扣减工资或视为旷工。
  法律依据：《劳动法》《劳动合同法》及地方性法规对法定假期有明确规定，企业违反可能面临行政处罚或劳动仲裁。
• 医疗期：员工因病或非因工负伤需停工治疗的，企业应给予医疗期（根据工龄和本单位工作年限确定，一般为3-24个月）。医疗期内企业不得解除劳动合同，且需支付病假工资（不低于当地最低工资的80%）。
  法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第3-5条。

2. 请假性质为事假

• 企业规章制度允许：若员工申请事假并获批准，企业可按规章制度扣减工资（如按日工资比例扣除），但不得因此解除劳动合同，除非员工长期旷工严重违反制度。
  风险提示：企业需确保规章制度经民主程序制定并公示，否则可能被认定为无效。
• 企业规章制度未允许或员工未获批：员工擅自离岗超过20天，可视为严重违反规章制度，企业可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
  操作要点：企业需留存员工未获批假的证据（如请假申请记录、通知回岗记录等）。

3. 请假性质存疑或涉及虚假证明

• 若员工提供的病假证明、结婚证等材料涉嫌伪造，企业可要求员工复核或到指定医院复查。若查实虚假，企业可按严重违纪处理（解除合同），并保留追究法律责任的权利。
  法律依据：《劳动合同法》第39条（严重失职、营私舞弊给企业造成重大损害）。

4. 特殊情形处理

• 长期病假导致无法履职：若医疗期满后员工仍不能从事原工作或另行安排的工作，企业可提前30日书面通知或支付代通知金后解除合同，并支付经济补偿。
  法律依据：《劳动合同法》第40条。
• 员工涉嫌刑事犯罪：若员工因涉嫌犯罪被拘留或逮捕，企业可中止劳动合同履行，待案件终结后根据结果处理（如解除合同）。
  法律依据：《关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》第28条。

操作建议

1. 核查请假材料：要求员工提供完整证明（如病历、结婚证、死亡证明等），并留存复印件。
2. 发送书面通知：若员工未获批假或超期未归，及时发送《返岗通知书》，明确后果（如视为旷工、解除合同）。
3. 依法解除合同：若符合解除条件，需通过工会或职工代表大会程序，并书面通知员工。
4. 避免违法风险：不得以“自动离职”为由直接停缴社保或扣发工资，否则可能面临赔偿。

总结：处理连续请假超20天的问题，核心是区分请假性质、核查证据合法性、严格依据规章制度和法律程序操作。企业需平衡管理权与员工权益，避免因程序瑕疵引发劳动争议。如有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。