自然资源规划部门（现多称为自然资源部门）确实能在特定情况下判定建筑违法，这主要基于其职责范围和相关法律法规的授权。以下从多个角度详细分析：

一、自然资源部门的职责范围

自然资源部门在违法建筑认定中主要扮演两个角色：

1. 土地管理角度：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门（即自然资源部门）责令退还非法占用的土地，并可能限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。这意味着，如果建筑占用了未经批准的土地，自然资源部门有权进行查处并判定其违法。

2. 规划管理协同：虽然城乡规划主管部门是违法建筑认定的主要部门，但自然资源部门在规划管理中也发挥着重要作用。特别是在涉及土地利用总体规划与城乡规划的衔接问题上，自然资源部门需要与城乡规划主管部门协同工作，共同确保建筑符合规划要求。在特定情况下，自然资源部门也可能参与违法建筑的认定工作。

二、违法建筑认定的主要部门

尽管自然资源部门在违法建筑认定中扮演一定角色，但违法建筑的认定主要由城乡规划主管部门、乡镇人民政府以及其他相关部门（如自然资源部门、住建部门等）根据各自职责和权限进行。具体来说：

1. 城乡规划主管部门：负责城市规划区内违法建筑的认定，包括未批先建、超面积建设等行为。它们依据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条进行查处。

2. 乡镇人民政府：在乡、村庄规划区内，未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定建设的，由乡镇人民政府负责认定和处理。它们依据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条进行查处。

3. 其他相关部门：如自然资源部门（针对非法占用土地的行为）、住房和城乡建设部门（参与认定违反施工许可管理规定的建设项目）等，也在特定情况下参与违法建筑的认定工作。

三、自然资源部门判定建筑违法的具体情形

自然资源部门判定建筑违法通常涉及以下情形：

• 非法占用土地：建筑占用了未经批准的土地，如耕地、林地等，违反了土地管理法律法规。
• 违反土地利用总体规划：建筑的建设与土地利用总体规划不符，如将农用地改为建设用地而未经批准。
• 未办理合法用地审批手续：建筑的建设未按照法定程序办理用地审批手续，如未取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等。

四、法律建议

1. 了解相关法律法规：在涉及建筑合法性的问题时，建议首先了解相关法律法规，特别是《中华人民共和国城乡规划法》和《中华人民共和国土地管理法》等，以便更好地维护自己的合法权益。

2. 咨询专业部门：如果对建筑的合法性存在疑问，可以向当地的城乡规划主管部门、自然资源部门或乡镇人民政府咨询，了解建筑是否符合规划要求或是否占用了合法土地。

3. 及时处理违法建筑：如果发现自己的建筑存在违法情形，建议及时与相关部门沟通并采取措施进行整改或拆除，以避免面临更严重的法律后果。

总结来说，自然资源部门在特定情况下确实能判定建筑违法，这主要基于其土地管理职责和相关法律法规的授权。然而，违法建筑的认定是一个复杂的过程，涉及多个部门和法律法规的协同作用。因此，在处理相关问题时，建议综合考虑多个因素并咨询专业部门或律师的意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。