结论：规划区内违法建设自然资源部门已按照规划法查处后，是否可以结案并非一个简单的是非问题，而是需要综合考虑多个因素，包括查处程序的完整性、违法行为的性质与后果、以及是否满足结案的法定条件等。以下是对此问题的详细分析：

一、查处程序的完整性

自然资源部门在查处规划区内的违法建设时，必须遵循法定的程序。这通常包括立案、调查取证、审查决定、送达执行等环节。如果自然资源部门已经按照这些程序进行了全面的查处，并且确保了每一步都符合法律规定，那么这是结案的一个重要前提。

二、违法行为的性质与后果

违法行为的性质与后果也是决定是否可以结案的关键因素。如果违法行为轻微，且已经得到了及时的纠正，没有造成严重的后果，那么自然资源部门在依法进行处罚后，可以考虑结案。然而，如果违法行为严重，或者造成了重大的社会影响或经济损失，那么仅仅进行处罚可能并不足以结案，还需要进一步采取措施，如责令拆除违法建筑、恢复原状等，以确保违法行为的彻底纠正。

三、结案的法定条件

根据相关法律法规的规定，结案通常需要满足一定的条件。这些条件可能包括：违法行为已经得到纠正、罚款已经缴纳、相关责任人已经受到处理等。自然资源部门在决定是否结案时，必须仔细审查这些条件是否已经满足。如果任何一项条件未满足，那么就不能轻易结案。

四、特殊情况的处理

在某些特殊情况下，即使自然资源部门已经按照规划法进行了查处，也可能无法立即结案。例如，如果违法建设涉及复杂的法律关系或多方利益冲突，那么可能需要进一步的法律程序或协商来解决。此外，如果违法建设存在安全隐患或对公共利益造成威胁，那么自然资源部门可能还需要继续监督其整改情况，直到确保安全为止。

五、建议与后续行动

1. 核实查处程序的完整性：建议自然资源部门仔细审查查处程序的每一个环节，确保没有遗漏或违规操作。
2. 评估违法行为的性质与后果：对违法行为的性质与后果进行全面评估，以确定是否需要进一步采取措施。
3. 审查结案的法定条件：对照相关法律法规的规定，仔细审查结案的法定条件是否已经满足。
4. 考虑特殊情况的处理：如果存在特殊情况或复杂法律关系，建议自然资源部门寻求法律支持或进行进一步协商。

最后，规划区内违法建设自然资源部门已按照规划法查处后是否可以结案，需要根据具体情况进行综合判断。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。