结论：公司以你违规打卡为由进行罚款是否合法需分情况讨论，若公司罚款行为不合法，你有权要求返还罚款；若合法，你则需接受相应处理。以下为具体分析：
公司罚款行为合法性的判断
- 公司规章制度层面
- 若公司规章制度合法有效且明确规定：公司需有合法制定且已向员工公示的规章制度，其中明确规定使用手机照片扫脸打卡属于违规行为，以及相应的罚款标准和程序。例如，公司通过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定该制度，并以书面形式发放给员工，或者在入职培训时明确告知等。在这种情况下，公司依据该制度对你进行罚款，从规章制度依据角度是合法的。
- 若公司规章制度不合法或未公示：如果公司的规章制度制定程序不合法，比如未经民主程序制定；或者没有向员工进行公示，员工根本不知道有这样的规定；又或者制度内容违反法律、行政法规及政策规定，如罚款数额过高（超过当地月最低工资标准的20%等）。那么公司依据这样的规章制度对你罚款就是不合法的。
- 法律规定层面
- 罚款权限限制：根据我国相关法律规定，用人单位并不具有对员工进行罚款的行政处罚权。一般情况下，只有行政机关等特定主体才有权依据法律法规的规定对违法行为进行罚款。所以，如果公司直接以罚款的名义扣减你的工资，这种行为在法律上存在争议，可能被认定为不合法。
- 合法扣减工资情形：不过，如果因为你的违规打卡行为给公司造成了实际经济损失，公司可以根据劳动合同的约定或者依法制定的规章制度，要求你赔偿经济损失。但公司扣减工资的数额不得超过你当月工资的20%，且扣减后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
应对措施
- 与公司协商
- 你可以先与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司对你罚款的具体依据和理由。如果认为公司的罚款行为不合法，你可以向公司说明情况，要求公司返还罚款。在协商过程中，要注意保留好相关的沟通记录，如聊天记录、邮件等。
- 申请劳动仲裁
- 如果与公司协商无果，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请仲裁时，你需要提交仲裁申请书、相关证据材料等。证据可以包括劳动合同、公司的规章制度、工资条、罚款通知、与公司的沟通记录等，以证明公司的罚款行为不合法或者扣减工资不符合法律规定。
- 提起诉讼
- 如果你对劳动仲裁的结果不满意，还可以在收到仲裁裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要按照法院的要求提交证据、参加庭审等，由法院对案件进行审理并作出判决。