结论：司机把车胎扎坏了，是否应该扣工资，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
从劳动合同和公司规章制度的角度：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了员工因故意或重大过失造成公司财产损失时，公司有权扣除相应工资作为赔偿，那么在这种情况下，如果司机是故意扎坏车胎，公司有权根据规定扣除其工资。
- 但如果劳动合同或公司规章制度中没有此类规定，或者规定不明确，那么公司就不能随意扣除司机的工资。
从过错程度和损失大小的角度：
- 如果司机是故意扎坏车胎，且这种行为给公司造成了实际的经济损失，那么公司有权要求司机进行赔偿。但赔偿的方式并不一定是直接扣除工资，还可以通过其他方式，如要求司机支付赔偿金等。
- 如果司机是无意中扎坏了车胎，或者虽然有过错但过错程度较轻，且造成的损失不大，那么公司就不应该扣除其工资。毕竟，员工在工作中难免会出现一些小失误，不能因为这些小失误就剥夺其劳动报酬。
从法律程序和证据的角度：
- 如果公司要扣除司机的工资作为赔偿，必须确保有充分的证据证明司机是故意扎坏车胎，并且这种行为给公司造成了实际的经济损失。否则，公司可能会面临法律纠纷和赔偿风险。
- 在处理此类事件时，公司应该遵循法律程序，如与司机进行协商、调解或仲裁等，以确保处理结果的公正性和合法性。
建议：
- 对于公司而言，在处理此类事件时，应该首先查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定，并确保有充分的证据证明司机的过错和造成的损失。如果确实需要扣除工资作为赔偿，应该与司机进行充分沟通，并确保处理结果的公正性和合法性。
- 对于司机而言，如果认为自己被不公正地扣除了工资，可以向公司提出异议，并要求公司提供充分的证据证明其过错和造成的损失。如果公司无法提供充分证据，司机可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
可能法律后果：
- 如果公司未经合法程序或没有充分证据就扣除司机工资，可能会面临劳动监察部门的处罚或司机的法律诉讼，要求公司支付被扣除的工资及可能的赔偿金。
- 如果司机故意扎坏车胎并给公司造成重大损失，且公司能够提供充分证据，那么司机可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿公司的经济损失等。
总之，在处理此类事件时，公司和司机都应该遵循法律程序和规定，确保处理结果的公正性和合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。